(二)对于已开具专用税票的出口货物，发生退关、退货问题的处理。
对已开具专用税票的出口货物，如发生退关、退货时，出口企业在向我局进出口税收管理处办理出口货物退关、退运证明时，同时附送该批货物的专用税票予以缴销，如专用税票已输入电脑库存的，由进出口税收管理处实行“电脑缴销”。
(三)关于出口企业遗失专用税票如何退税问题。
出口企业在申报退税时，如果因遗失而不能提供专用税票的，则须提供由供货企业所在地县级以上主管征税机关出具的有关该批货物的专用税票已开证明，以及县级以上征税机关签署意见并盖章的原专用税票复印件和供货企业所在地银行出具的该税款的已入库证明，经审核无误后方可办理退税。
(四)关于加强出口货物税收函调工作问题。
由于从2000年9月1日起申报退税的专用税票必须与专用税票电子信息核对无误后方可退税，这样各地的专用税票函调工作也将大大增加。专用税票是出口退税的重要凭证之一，各征税机关要认真对待这项工作。各分局、区、县局税务机关要严格执行市局沪国税退[1996]54号文及转发的《国家税务总局关于严格出口退税审核加强出口货物税收函调工作的通知》》，认真依照沪国税退[1995]7号文件规定，在收到各地退税机关函调后，必须立即组织调查，并在收到函调后三个月内必须将函调情况回复发函退税机关。对未按要求回函或回函内容不实等致使偷税、骗税得逞的，按《关于追究税务机关行政领导在出口货物税收工作中失职渎职责任通知》的规定处理。函调格式参照沪国税退[1998]19号文中样张。
另外，征税机关对已开具的专用税票，如发现属违规开具的，应及时收缴已开的专用税票；对不能收回的部分发函通知出口企业所在地退税机关，宣告上述专用税票作废，以避免税款流失。
(五)关于国税发[1996]8号文的处罚条例中“虚开”专用税票的问题。 对于企业隐瞒实情、骗开专用税票的，可按财税字[1996]8号文中虚开税票来处理。根据《僵人大常委会
关于惩治偷税、抗税犯罪的补充规定》：“虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票行为之一的”。
八、专用税票的开具及电子信息稽核问题
(一)专用税票的开具，原则上实行一张增值税专用发票开具一份专用税票的办法。一张增值税专用发票不可开具两份(或以上)专用税票，专用发票和专用税票亦不可交叉开具。
