4、公平效率原则：兼顾公平与效率，鼓励竞争。推动医学科学进步，促使卫生事业健康发展。
二、财政补助范围和方式
根据政府管理职责，财政对卫生事业的补助范围是指各级政府用于公共卫生事务和卫生机构的资金补助。
两级政府根据各自承担的任务给予相应的财政补助政策，按照零基预算补助方法予以核定。
1、卫生行政部门及执法监督机构的经费补助
各级政府卫生行政部门及卫生执法监督机构履行卫生管理和监督职责所需经费由同级财政预算核拨。
各级政府卫生行政部门和监督执法机构等进行执法监督过程中取得的收入，是预算内收入，按规定全部纳入财政预算管理。
2、公共卫生事业机构的经费补助
疾病控制、妇幼保健等公共卫生事业机构向社会提供公共卫生服务所需经费，由同级财政预算和单位上缴的预算外资金统筹安排。经费补助的项目主要是：
国务院卫生行政主管部门认定的甲类和部分乙类传染病，以及对人群健康危害严重的其他传染病的监测、控制和疫情处理；政府指令性计划免疫；卫生突发事件处理和重大灾害防疫；保障人群健康的环境卫生、放射卫生、食品卫生、学校卫生、职业卫生的监测与预防；对人群健康危害严重的慢性传染病、寄生虫病的监测与控制；妇幼保健工作；健康教育等。
疾病控制和妇幼保健等公共卫生事业机构从事疾病控制、妇幼保健工作等所取得的各项收入，按规定全部上缴预算外资金财政专户，实行收支两条线管理。上缴资金用于卫生事业。
3、政府举办的非营利性医疗机构的经费补助
对符合区域卫生规划要求设置的政府举办的非营利性医疗机构，同级财政给予适当补助。
基本医疗服务原则上通过收费补偿。医疗收费补偿不到位前的基本医疗服务亏损，由财政部门按照基本医疗服务的数量和单位服务量的社会平均成本或先进成本给予适当补助。
对医院重点学科建设和中医医院、特色专科医院给予重点扶持，加强对国家及本市先进医学技术发展、临床医学研究和中医医院、特色专科医院的经费投入。并通过公开招标、医疗机构申报、专家评审立项等方法实施项目管理。
符合区域卫生规划的医院房屋设施大型修缮和大型医疗设备添置等项目，经有关部门批准和专家论证后，进入财政专项资金补助滚动项目库，根据轻重缓急、立项顺序和经费补助数额逐年安排。有资金回收能力的项目也可试行银行贷款、财政贴息等办法。
对政府举办的社区卫生服务中心根据其完成社区人群预防保健任务和基本医疗服务的数量、质量核定财政补助经费。具体可根据本地区经济发展水平、卫生状况、社区人口、服务面积、预防保健服务人次等因素合理确定。
