征收税务机关在对企业申报资料进行审核时，应注意核对企业申报的企业海关代码，确保申报的企业海关代码与企业报送单上的企业海关代码一致；同时应将企业出口申报表记录与海关单证记录逐一核对，发现录入错误即通知企业更正。
退税税务机关应将企业申报信息与海关电子信息进行交叉稽核，并将不相匹配的企业申报信息打印出疑点表交企业复查。不论企业是否确认或者纠正，退税税务机关都应在办理年度清算前对未匹配数据再次与海关进行核对，对未通过再次核对的企业外销收入，退税税务机关在办理年度清算时应视同单证不齐处理。
(二)进一步做好对进料加工进口料件申报、审核工作
2001年“免抵退”税中，从事进料加工业务的生产企业应按核销环节办理进口料件的申报，并在出口申报中填报进料加工手册号，生成《进料加工手册清单》上报，同时按规定上报《进料加工贸易申请表》(复印件)及相关进料加工手册(复印件)、进口报关单等资料。
征收税务机关应将企业上报的《进料加工手册清单》与企业申报的进料加工手册进行核对，确保《进料加工手册清单》中的进料加工手册复印件全部上报。征、退税税务机关还应将退税税务机关出具的有关企业《进料加工贸易申请表》与企业申报的《进料加工贸易申请表》(复印件)进行核对，并按规定对企业申报的相关资料进行审核。
企业未按照《上海市国家税务局关于转发〈国家税务总局关于出口退税若干问题的通知〉的通知》(沪税进[2001]14号)规定办理《进料加工贸易申请表》的，其相应的复出口货物销售收入，不得作为外销收入办理“免抵退”税申报。
三、税务机关做好本次正式申报工作的重点
(一)各税务机关应高度重视本次生产企业出口货物“免、抵、退”税正式申报工作，要从进一步支持扩大出口、改善投资环境、规范税收秩序的高度提高认识，加强对正式申报工作的领导，精心组织，按照保质完成本次正式申报工作。在正式申报中，要突出重点，对出口创汇多、且财务会计核算规范、纳税信用好、应退税额大的企业，特别是属于国家鼓励发展产业的企业优先办理。
(二)认真做好宣传辅导和组织申报工作。征、退税税务机关要按照政务公开的要求，积极宣传国家有关出口退税的政策，对正式申报中涉及单证提供、数据录入、明细汇总等各重点申报环节的内容进行辅导，并将新实施“免、抵、退”税办法的企业、财务会计核算基础薄弱的企业作纳入重点为辅导范围，促使企业夯实管理基础，提高申报质量。
