研究提出深化农村经济体制改革意见；指导农村各类合作经济组织的发展和管理；指导乡村集体经济组织的建设、财务会计、资产管理以及审计；负责贯彻落实稳定与完善土地承包政策；指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包合同管理等工作；协调指导农业社会化服务体系建设；指导农业产业化经营；组织对农村经济收支、农民收入与农民负担情况的监测，监督减轻农民负担的工作。
　　(五)国际国内市场与合作处
　　组织实施农业部门信息系统建设；收集、调查、研究国际国内农业生产流通信息；提出大宗农产品和重要的农业生产资料的流通及价格政策建议；拟定全省大宗农产品市场体系建设规划并组织实施，促进产前、产中、产后一体化；协调菜篮子工程工作；负责农业统计和标准化工作；组织、协调农业投入品、农产品的质量监督工作；组织农业对外经济技术交流与合作；承办农业涉外事务，研究国外农业发展动态；协调管理全省范围内有关国际间农业组织或机构的合作交流事务。
　　(六)计划财务处
　　研究提出农业和农村经济中长期发展规划和财税政策建议；参与编制农业综合开发项目计划并监督实施；承办农业建设项目审批和扶持具有示范效应的产业化项目的工作；编制并执行部门预算；管理厅管各项资金；监督下属单位的国有资产管理；指导农业行业财务管理。
　　(七)科技教育处(江西省发展绿色食品领导小组办公室)
　　研究提出农业科技、教育、技术推广和生态农业建设发展规划及项目计划，实施科教兴农和可持续发展战略；组织重点科研项目攻关、技术开发、示范推广的申报工作；管理农业科技成果、专利和科技经费；负责农业生物物种资源保护和管理工作；指导中等农业教育、农民职业技术教育工作；指导农村可再生能源综合开发与利用，促进生态农业建设；承办绿色食品标志的申报、认证和省发展绿色食品领导小组的日常工作；指导学会、协会工作。
　　(八)农场企业处
　　研究制定下属农场和企业的经济体制改革意见；组织开展技术改造、新产品开发和新技术、新成果的推广应用；指导下属单位的经济建设规划、经营管理和招商引资工作；掌握分析经济运行状况，考核各项经济责任目标；监督国有资产保值增值和安全生产责任制的落实。
　　(九)江西省粮油作物局
　　研究提出粮油作物生产中长期发展规划及年度计划，指导粮油作物结构和布局的调整；提出并组织实施粮食、油料、绿肥生产重大技术措施及资源保护；组织化肥、农药、种子等产品的质量监督、检验、登记；指导救灾、备荒种子、化肥等生产资料的储备和调拨；负责中、低产田改良试验、示范、推广和项目的实施；制定并监督实施耕地保护与补偿制度；主管地力监测、绿肥生产、化肥及微肥肥效鉴定和监测等工作。

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