清理整顿道路客货运输秩序的基本目标是：通过清理整顿，使道路客货运输秩序基本好转，经营环境有较大改善，政府对市场监管能力明显增强，行业整体形象明显改善，服务质量明显提高，为创新体制创造条件，促进道路客货运输行业的健康发展。
三、清理整顿的主要内容及措施
(一)清理收费项目，减轻经营者负担。
交通部门积极配合财政、物价、监察等部门对涉及道路客货运输的行政事业性收费和政府性基金项目进行全面清理。在涉及道路客货运输的行政事业性收费和政府性基金项目中，除法律、法规，国务院，财政部、国家计委，省人民政府，省财政、物价部门批准的行政事业性收费项目，国务院或财政部批准的政府性基金项目外，其他一律取消。对符合国家规定的收费项目不得擅自扩大征收范围和征收标准；对收费过高的项目，要降低收费标准。清理工作完成后，对需保留的收费项目、征收范围、征收标准经交通、财政、物价、监察部门清理后在媒体上公布，接受社会监督。严禁任何单位乱收费、乱摊派。
(二)打击非法营运，建立公平竞争的市场秩序。
工商、公安等部门要积极配合交通部门，强化对道路客货运输市场的监督和管理，开展打击非法营运的专项治理行动，对非法售票处、非法配货点、拉客仔、票贩子、货贩仔等垄断经营、欺行霸市的行为予以坚决打击，整顿道路客货运输秩序。对未按规定经交通运管部门核发经营许可证的客货运输企业、道路客运售票处、道路货运代理点、维修企业、道路货运站和超越核定范围经营的非法营运行为，交通、公安和工商部门要紧密配合，坚决予以取缔。强化道路客货运输企业、客运售票处、维修企业、道路货运站的年度审验。对年度审验不合格的，按有关规定处理。
切实加强对无证无牌、假证假牌运输车辆和未经批准长期驻厦营运的外地客货运输车辆的打击力度，一经查实，必须终止其运行，直至违章行为消除为止，并按有关规定予以处罚。清理在厦营运的外地集装箱运输车。联合港务局，审核进港车辆的资质。打击各种类型车辆的非法营运，重点打击私家小轿、单位通勤车、微型小货车从事非法营运，清除非法营运车辆聚集地。
交通部门要切实搞好运力结构优化和运力调控，逐步淘汰现有营运小型客车(即“面的”)。在清理整顿期间，暂停审批非专业运输企业车辆办理营运手续的申请。对实载率低于70%的客运班线，今后不增加新的运力，原有车辆报废后也暂不予更新，以遏制运力盲目增长势头，制止恶性竞争。
