5、非营利性医疗机构执行财政部、卫生部颁布的《医院财务制度》和《医院会计制度》等有关法规、政策。
(二)营利性医疗机构
营利性医疗机构是指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的医疗机构。
1、营利性医疗机构在卫生行政部门核准的诊疗科目范围内根据市场需求自主确定医疗服务项目。
2、营利性医疗机构的医疗服务价格放开，依法自主经营，照章纳税。
3、营利性医疗机构参照执行企业的财务、会计制度和有关政策。
4、按照“财税[2000]42号”文件精神，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。3年免税期满后恢复征税。
三、非营利性医疗机构和营利性医疗机构的划分办法
(一)政府举办的医疗机构：
根据区域卫生规划，现有政府举办的承担基本医疗任务，对医疗市场具有调节和主导作用的各级综合性医院、中医院、代表区域性医疗技术水平的专科医院、妇幼保健院(所)、中心卫生院、乡(镇)卫生院、社区卫生服务组织、急救中心(站)及为特殊人群服务的医疗机构，经同级政府根据经济发展和医疗需求予以核定，可继续由政府举办，定为非营利性医疗机构。
承担防保任务的村集体卫生室定为非营利性医疗机构。
(二)各部门设立的承担本部门基本医疗，不以营利为目的的医疗机构，定为非营性医疗机构，列入“其他非营利性医疗机构范畴”；对社会开放或所得收益用于经济回报的定为营利性医疗机构。
(三)社会团体和其他社会组织举办的医疗机构
1、企事业单位举办的承担本单位职工基本医疗服务任务的医疗机构定为非营利性医疗机构，属于“其他非营利性医疗机构”范畴；对社会开放或所得收益用于经济回报的定为营利性医疗机构。
2、经卫生行政部门登记注册主要承担基本医疗服务的驻石部队医疗机构定为非营利性医疗机构，属于“其他非营利性医疗机构”范畴。已脱离部队编制、具有独立法人资格、对社会开放的医疗机构，定为营利性医疗机构。
3、社会团体和其他社会组织举办主要承担为本团体和组织提供基本医疗服务的医疗机构定为非营利性医疗机构，属于“其它非营利性医疗机构”范畴；对社会开放或所得收益用于经济回报的定为营利性医疗机构。
4、“其他非营利性医疗机构”不享受财政补助政策。
