出口企业不得将“进料加工”贸易方式进口料件取得的海关征收增值税完税凭证交主管征税税务机关作为计算当期进项税额的依据，而应交主管出口退税税务机关作为计算退税的依据。对从事进料加工贸易方式的外贸企业未按规定申请办理“进料加工贸易申请表”有进料加工业务，税务机关对其保税进口的原材料零部件转售给其他企业加工的，应按规定的增值税税率计征销售料件的增值税。
（二）进口料件采取委托加工方式复出口应退税额二购进原辅材料增值税专用发票注明的进项金额×原辅材料退税率＋增值税专用发票注明的加工费金额×复出口货物退税率＋海关已对进口料件实征的增值税税款
第十一条 有出口经营权的生产企业进料加工复出口货物的退（免）税计算规定
生产企业以“进料加工”贸易方式进口料、件加工复出口的，应按本办法第九条的规定填具“进料加工贸易申请表”，报经主管其出口退税的税务机关同意盖章后，再将此申请表报送主管其征税的税务机关，并准许其在计算加工成品的增值税时对这部分进口料、件按规定征税税率计算税额予以抵扣（通常称之为虚拟进项税额，从当期的应纳税额中扣减）。同时，主管退税的税务机关在计算该企业当期应退税额或“免抵退”税额时，应按月对已开具进料加工贸易申报表的部分从当期应退税额或“免抵退”税额中予以扣减，不足抵减的部分可结转下期继续抵减。
（一）实行“先征后退”办法计算退税的生产企业计算公式为：当期应纳税额＝当期内销货物的销项税额＋当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×征税税率－（当期全部进项税额＋当期海关核销免税进口料件组成计税价格×复出口货物征税税率）当期应退税额＝当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税税率－当期海关核销免税进口料件组成计税价格×复出口货物退税税率
（二）实行“免、抵、退”办法计算退税的生产企业计算公式为：
当期不予抵扣或退税的税额＝当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×（征税率－退税率）－当期海关核销免税进口料件组成计税价格×（征税率－退税率）
当期应纳税额：当期内销货物销项税额－（当期全部进项税额－当期不予抵扣或退税的税额）
（三）从事进料加工贸易方式的生产企业，凡未按规定申请办理“进料加工贸易申请表”的，相应的复出口货物生产企业不得申请办理退税。
第六章 来料加工复出口货物的免税规定
第十二条 来料加工业务办理免税证明的规定
