市财政负担的经费为：本市药品监督管理部门预算管理范围内的人员经费、公用经费、专项经费和办案经费等。其中，人员经费：指药品监督管理部门编制内实有人员按国家规定标准列支的工资和本市出台的政策性补贴，即基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费和社会保障费等。公用经费：指根据本市统一规定的公用经费标准安排的公用方面的支出。专项经费：指药品监督管理部门开展业务工作所需的业务经费、设备购置费、一次性补助的开办费等。
区县财政负担的经费为：区县药品监督管理分局的办案经费、区县药品抽验费，按规定标准配备的办公用房(含房屋修缮)经费，区县政府规定的人员奖励经费以及弥补上述有关经费的不足部分等。上述各项费用，区县财政部门要作好年度经费安排，保证其正常运转和业务工作的需要。
药品监督执法所需的办案经费和执法装备经费，根据罚没收入和行政事业性收费收入的上缴渠道，分别由市、区县财政核拨，其中列入“上海市人民政府采购目录”范围的，要实行政府采购和国库直接拨付。本市药品监督管理部门实施药品抽验，不得向药品生产和经营企业收取抽验费。药品抽验所需经费按市、区县药品监督管理部门的职能分工，分别由市、区县两级财政予以专项核拨。
四、预算指标划转
原由区县财政负担的药政、药检、卫生监督管理办公室等有关的人员经费、公用经费和专项经费，原则上以各区县2000年财政核拨数为计算依据，调增各区县的财政体制上解基数。
五、管理要求
本市药品监督管理部门和财政部门应严格执行
《预算法》和有关的法律法规、财经制度，各司其职，各负其责，共同做好药监系统财务经费的管理工作。
市药品监督管理局应按“厉行节约，勤俭建国”的方针和部门预算的要求，在规定的时间内，对所属单位年度收支预算进行逐级编制、初审和汇总，报市财政局审核批准后，及时将市财政局的预算批复下达到所属单位。严格按财政部门确定的开支范围和标准使用各项财政资金，任何单位不能平调和移作他用。同时，要做好收入的分级汇总和解缴工作，做到应收尽收，应缴尽缴，严禁挪用截留。
市财政局应按“统筹兼顾，确保重点”的原则，认真审核市药品监督管理局上报的部门预算，合理安排人员经费和相关经费，在规定的时间内批复预算。要增强服务意识，按照工作进度，及时足额拨付药品监督管理经费，保障药品监督管理部门开展工作的正常需要。要按预算改革的要求，指导药品监督管理部门做好政府采购和国库直接拨付工作。加强预算内外资金分配使用过程的监督管理，提高资金使用效益。按有关规定，对挤占、挪用、截留财政资金的部门、单位和个人，进行严肃查处。
