第二阶段是年底前全面达到我市的年初见成效的阶段性目标。重点是从体制、机制和制度上查找漏洞，建章立法，治标与治本相结合，进一步完善规范市场经济秩序的长效管理机制。
第三阶段是明年一季度对一年初见成效进行回头看，重点是巩固提高，总结评价和验收阶段。
四、 加大打击力度，严惩破坏市场经济秩序的违法犯罪活动。
依法严惩破坏市场经济秩序的违法犯罪行为，是整顿和规范市场经济秩序的重要措施。行政主管部门与执法部门要加强协调配合，始终保持严打的高压态势。行政执法部门在查处违法行为中发现的犯罪线索，要及时通报并依法移送司法机关，不得瞒案不报、以罚代管、以罚代刑，造成严重后果的要严肃追究责任。要加强行政执法与刑事执法的衔接，建立信息共享、沟通便捷、防范有力、查处及时的打击经济犯罪的协作机制，依法加大对破坏市场经济秩序行为的处罚力度，让违法犯罪者为其行付出沉重代价，切实起到震慑作用。
要严惩各类违法犯罪分了，集中力量侦破一批涉及面广、数额巨大、影响恶劣、严重破坏市场经济秩序的大案要案，依法严惩一批违法犯罪的首恶分子和惯犯。对国家机关中与犯罪分子相互勾结、包庇、纵容违法犯罪活动的人员，要一查到底，绝不姑息。
要加强执法队伍建设，坚持依法公正文明执法，努力提高执法人员的业务素质和执法工作水平。
五、 切实加强对整顿规范市场经济秩序工作的领导
1、 健全组织机构，加强统一领导。
市政府成立“南京市整顿和规范市场经济秩序工作领导小组”，统一领导和组织全市市场经济秩序的整治工作。领导小组下设办公室，办公室在市经委，具体承担日常的组织协调、督查和联络工作，市工商局、市质量技术监督局等有关成员单位派员参加办公室日常工作。
要严格执行行政首长负责制，坚持谁主管谁负责的原则，各部门、各区县的主要行政领导要对本部门职权范围和本地区的整治工作负责，各区县都确定本区县工作重点，确定重点整治产品、市场和地区，成立相应的工作机构，抓督促检查，抓措施落实，确保整治工作能够扎实有效的向前推进。
2、 要进一步深化改革，切实转变政府职能
各级政府部门要把培育市场体系、监督市场运行、维护公平竞争、创造良好的市场环境作为自己重要职责。今年要在减少行政性审批、打破地方封锁和行业垄断方面取得明显进展，积极推进政企分开，努力改进工作方法，强化竞争机制，充分发挥市场在资源配置中的基础性作用。
