项目法人为合同甲方，负责根据合同检查项目进展情况和工作质量，按项目进度拨付经费并组织项目初步验收。
承担项目实施的单位为合同乙方，负责根据合同和行业规范实施项目计划任务，保证项目工作质量，按进度提交工作简报和竣工资料，及时报告重要发现和重大成果，并负责工作期间的文物安全和人身安全。
承担项目单位不得进行项目转包。总承包单位经甲方批准后可进行项目分包，项目主体工程不得进行分包。
项目所在地区县(自治县、市)文物保护管理所为非工程性项目的协作方，负责项目实施中的工作协调、提供出土品或文物构件的存放、整理场地以及文物安全管理等工作。
第二十一条 库区文物保护项目质量实行法人负责制。项目法人对文物保护项目质量负总责。勘察设计、施工、监理等单位的法定代表人按各自职责对所承担项目的质量负责。
第二十二条 库区文物保护工作中的出土品、文物构件及档案资料的移交由市文物局负责统一管理。
第二十三条 项目实施过程中，除市文物局另有指定外，库区的出土品和文物构件由项目合同的协作方负责提供寄存和整理场地，并负责其安全管理。
未经市文物局批准，任何单位和个人不得将出土品和文物构件携离库区。需作鉴定或测年的各类标本，必须经市文物局批准，并在指定期限内交还。
第二十四条 除国家文物局另有指定外，库区的出土品和文物构件由市文物局根据重庆市及库区文物事业发展的实际需要，以及有关大专院校和科研机构的教学、研究需要，按照统筹兼顾、合理调剂的原则，统一指定具备条件的国有博物馆单位收藏保管，并办理移交手续。任何单位和个人不得扣压出土品和文物构件，阻挠文物的妥善保管和科学研究。
市文物局负责筹备建立重庆中国三峡博物馆，以系统收藏、研究和全面展示三峡文物抢救保护工作成果。
第二十五条 各级公安部门、工商行政管理部门和重庆海关在查处库区违法犯罪活动中依法没收、追缴的除返还受害人以外的所有文物，须按国家有关规定在结案后立即无偿移交市文物局，由市文物局统一指定具备条件的国有博物馆单位收藏保管。
第二十六条 库区文物保护工作的有关项目资料、文物资料以及管理资料等，由市文物局负责统一建档、保存和管理。
