第二阶段为有关部门核查阶段。2001年9月，各区县监察、财政、人民银行、审计等部门要根据掌握的情况，有重点的进行复查，对银行账户管理不规范的，要及时予以纠正；对不符合规定的银行账户，要限期撤消；对于查出的违纪违规问题要及时处理，并将检查处理情况以书面形式于10月中旬上报市监察局、财政局、审计局。10月份，市监察、财政、人民银行、审计部门将组成检查组对市级部门和各区县清理整顿银行账户工作进行检查。
在清理整顿中，各区县、各部门要健全制度，规范管理，巩固工作成果。要严格执行国家和省、市有关银行账户管理的法律、法规和政策，加强行政事业单位银行账户监督和管理。各单位非财务部门不得管理银行账户，严禁违反规定多头开户；要按照设立银行账户的条件及有关规定，从严控制单位银行账户的数量；严格履行开设或撤消银行账户的审批手续，严禁金融机构为公款私存开设账户。本次清理整顿后，原则上每个行政事业单位只能开设一个预算内资金账户和一个预算外资金支出账户。已纳入各级会计核算中心的单位，也要按照本实施意见的要求，该取消的取消，不得再新开设银行账户。因业务特点确需增设银行账户的，必须向同级财政部门提出申请，经审核同意后，持财政部门的批准文件和人民银行颁发的《开户许可证》到开户银行办理相关手续，并由各单位财务部门统一管理。各级财政部门对行政事业单位账户要实行档案化管理，建立定期检查制度。要结合落实“收支两条线”的规定，加强财务管理，严格会计监督及银行账户开立的审核。要把银行账户管理与加强财政监督、推行预算制度改革以及实行国库集中收付制度结合起来，增强清理整顿工作的整体效果。在清理整顿过程中，要注意中小金融机构的存款变化情况，确保银行体系与社会秩序的稳定。
五、清理整顿工作的监督检查和责任追究
各级监察、财政、人民银行、审计部门要严格按照《
金融违法行为处罚办法》(国务院令第260号)、《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》(国务院令第281号)和《
行政事业单位预算外资金银行账户管理的规定》(财综字[1999]88号)等法规和纪律规定，加大监督检查的力度，对各单位自查出来的问题并能认真纠正的，可以酌情从轻处理或免于处理；对不认真自查自纠，敷衍了事走过场甚至顶风违纪的，要严肃查处，决不姑息迁就。财政部门可按规定暂停对违纪违规单位拨款；金融机构按有关规定(或决定)撤消有关单位的非法账户，并将账户中的资金划转同级财政；监察部门不仅要追究直接责任人的责任，还要按照党风廉政建设责任制的规定追究有关领导的责任。
