农牧民建房收费专项治理工作分三个阶段进行：
第一阶段为全面清理和自查自纠阶段，于2001年9月底完成。各地市财政、价格部门要按照职责分工对经批准的涉及农牧民建房的行政事业性收费项目和标准进行全面清理，摸清收费底数，区分哪些是符合规定、合理的收费，哪些是不符合规定、不合理的收费。各地市价格主管部门要认真清理涉及农牧民建房的经营服务性收费。同时，要组织各个收费执收单位认真开展自查自纠工作，并要求执收单位将自查自纠结果报同级财政、价格部门备查。各地市价格、财政部门将本地区的全面清理和自查自纠汇总情况务必于2001年10月30日前报自治区财政厅、物价局。
第二阶段为审核处理和专项检查阶段，于2001年11月底完成。在全面清理和自查自纠的基础上，由自治区财政、价格部门按照职责分工对本地区批准涉及农牧民建房的行政事业性收费项目和标准逐项重新审核，提出取消、保留和降低标准的意见，报自治区人民政府批准，并由自治区人民政府向农牧民公告。
各级价格部门要对经营服务性收费清理结果进行严格审核，严禁未经自治区级以上财政、价格部门批准，擅自将行政事业收费转为经营服务性收费，纠正强制服务强制收费的行为。
农牧民建房收费检查工作要与农牧区中小学教育收费、农村电价、报刊摊派、达标升级专项治理检查相结合，检查工作的具体时间安排可与之衔接进行。检查工作的重点是治理农牧民建房收费的政策措施是否落实到位，乱收费问题是否得到解决，农牧民是否满意。
第三阶段为建章建制阶段，于2002年12月底前完成。自治区计委、财政厅将汇总全区农牧民建房收费专项治理情况，研究制定规范农牧民建房收费行为和违反农牧民建房收费政策处罚措施的规定，报自治区人民政府批准后印发各地(市)和各有关部门执行。自治区国土资源厅、建设厅将分别对我区规范农牧民建房用地及相关审批行为加强建章建制工作，对行政审批行为做出规定。
六、切实加强农牧民建房收费专项治理工作的组织领导和监督检查
开展我区农牧民建房收费专项治理，是制止“三乱”、落实减轻农牧民负担政策的重要工作。各级政府要加强对这项工作的领导，政府价格、财政、农业、国土资源、建设、纠风等部门要密切配合，共同做好工作。同时，各地要做好宣传工作，将有关减轻农牧民建房负担的政策通过报纸、电视等媒体宣传到每村每户。要加强监督检查工作，依照《
中华人民共和国价格法》查处乱收费行为，并将查处的违法收入如数退还农牧民；对乱收费情节严重的，特别是顶风乱收费的，要按照国务院《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》(国务院第281号令)，追究有关责任人和主管领导的责任，并通过新闻媒体予以曝光。
