(5)以上单位纳税年度应纳税所得额为年应纳税收入总额减去按照国家有关法律法规、税收政策规定允许扣除的与取得收入有关的成本、费用、损失后的余额。对其与取得应税收入有关的支出项目和与免税收入有关的支出项目，应分别核算。凡不能划分清楚的，由主管税务机关核定确认其应纳税所得额或应缴所得税额。
3、个人所得税
以上单位应按《
中华人民共和国个人所得税法》有关规定扣缴个人所得税。政府特殊津贴、按规定缴纳并由本人负担的住房公积金、医疗保险金、养老保险金以及按市政府规定取得的与职务挂钩的电话费补贴等可以税前扣除外，其他均应申报纳税，不再作其他扣除。
4、其他地方税
以上单位房产税、土地使用税、车船使用税和印花税问题。根据《
中华人民共和国房产税暂行条例》、《
中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》和《
中华人民共和国车船使用税暂行条例》规定：经国务院授权的政府部门批准设立或登记备案并由国家拨付行政事业费的各种事业单位、社会团体和民办非企业单位自用房产、土地、车船[即不包括生产经营及出租用的房屋、土地、车(船)]免征房产税、土地使用税和车船使用税。生产经营及出租用的房屋、土地、车(船)均应按规定缴纳房产税、土地使用税和车船使用税。
根据《
中华人民共和国印花税暂行条例》规定：凡在我国境内书立、领受本条例所列举凭证的国内各类企业、事业、机关、团体、部队以及中外合资企业．．．和其他经济组织及其在华机构等单位和个人，都是印花税的纳税义务人。因此，以上单位应按规定缴纳印花税。
三、清理规范的措施
(一)凡经批准设立的以上单位在2001年11月30日之前补办地方税务登记的，一律免于处罚；逾期未办理的一律处2000元罚款。
(二)以上单位要对本单位自成立以来(主要是1999年以来)应缴纳的各项地方税费进行一次全面的自查(自查表可到全市地税机关或各办税服务厅索取)，于2001年12月31日前完成自查并向所属主管地税机关缴纳各项税款。
