重点进行猪、牛、羊、家禽新品种(品系)引进和杂交优势利用，加快引进并研究冻精、胚胎分割、移植等良种繁殖技术。扩大特种畜禽、水产品品种引进与改良，加强地方名特优种质资源保护与利用。建立健全良种繁育体系，实现畜禽良种产业化经营。
重点研究与推广主要畜禽、水产疫病的快速检测、控制和综合防治技术。开发诊断试剂盒、高效疫苗、新型兽药，加速产业化。建立无规定疫病养殖基地，为建设现代畜禽水产产业提供安全保障。
加强饲料与饲草基地建设，支持饲料作物品种选育开发，开展优质牧草引种、改良与利用，加快优质饲料系列开发与产业化经营。
加快养殖业区域化、专业化进程，建设各具特色的养殖业经济带。制定与推广不同的饲养规模及条件下，畜、禽、水产高效饲养技术规程，提高养殖水平。大力推广应用稻田养殖技术，重视特种动物养殖技术引进和推广。
7、农产品加工科技工程。面向国内外市场，依靠科技进步，使农产品加工业成为我省农村经济新的增长点。到“十五”末，全省形成1－2个在国际市场上具有一定影响、5－10个在国内有较大影响的安徽名牌加工农产品，提高农产品在国内外市场占有率。
重点开展粮食、油料、饲料、果蔬、肉类、乳类、竹木等大宗农产品加工技术的研究开发和推广应用。注重加工设备及工艺的引进消化和研究开发。推进加工过程中副产品及废弃物的无害化处理和综合利用。研究和推广蔬菜、水果、茶叶、食用菌、花卉、山野菜等保鲜贮运技术。
以创立高科技附加值品牌产品为方向，大力推进干果、茶叶、中成药等特色产品和系列化食品的研究开发。重视食物安全，重点开发无公害农产品、绿色食品、有机食品。开展农产品质量快速检测方法研究，推进其产业化。
加强农产品基地建设，推进初级加工区域化，实行产业化经营。推进精深加工集约化，培育科技先导型现代加工企业，提高产品研发能力和科学管理水平，改进工艺，提高效率，降低消耗，清洁生产，增强产品在国际国内市场的竞争力。
开展农业质量与标准知识宣传培训，积极推行国家、行业标准，抓紧研究制定一批符合安徽实际、能与国际接轨的农产品质量标准和重要技术规范。建立农产品质量监督体系，加强农产品质量与安全性监督管理。
8、资源环境与农业持续发展科技工程。以水土资源保护和合理利用为重点，因地制宜研究不同区域的生态农业技术模式，建设一批技术先进、资源节约、生产高效的生态农业示范区。加强生态脆弱区的综合治理、生态恢复和重建技术研究。开展不同区域中低产田改良综合技术、水土保持生态工程技术和农村能源技术的研究。
针对我省不同区域水资源特点，加强节水农业综合技术研究与推广应用。重点开展淮北平原与江淮丘陵地区水资源优化配置与联合调度技术研究，开展水稻与旱作物及棚室高效经济作物的节水灌溉、设备开发、旱作农业综合技术研究。在不同区域建立一批高效节水农业示范区。
