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(一)办公室
负责本机关的政务工作；负责公文处理、信息、议案、建议、提案和信访、档案、保密工作，以及重要会议的组织工作；负责重要文件和会议决定事项的督查工作；负责机关内外协调、联络接待、服务保障等工作。
(二)产业发展处
参与研究和制订中关村科技园区产业规划和政策，督促落实发展高新技术企业的各项政策；按规定承办中关村科技园区内高新技术企业资格认定、复核以及重大产业化项目的认定；负责中关村科技园区大型产业化项目的引进和扶持工作；负责协调中关村科技园区重大外资项目的招商工作。
(三)规划建设处
负责研究、制订中关村科技园区发展规划并协调组织实施；参与中关村科技园区土地使用和开发的相关工作，参与中关村科技园区重点工程方案的审定及工程建设的协调工作。
(四)人力资源处
负责研究、制订中关村科技园区吸引人才的有关政策，并协调组织实施；负责研究、协调中关村科技园区人才资源的开发和利用工作。
(五)中介与社会服务体系建设处
负责制定中关村科技园区社会服务体系建设工作方案，并提出对策和建议；组织制定中关村科技园区社会中介组织发展的扶持政策；指导中关村科技园区中介组织的工作。
(六)金融体系建设处
研究制订中关村科技园区企业融资和风险投资的发展方案并提出建议；参与制订中关村科技园区投融资体制建设有关的政策；负责中关村科技园区企业上市的协调工作。
(七)财政审计处
负责组织中关村科技园区企业贯彻执行发展高新技术产业的财政和税收政策；负责管理和使用市财政拨付的专项建设资金；协助有关部门监督中关村科技园区丰台园、昌平园、电子城科技园、亦庄科技园专项资金的使用；负责中关村科技园区的建设与发展专项资金的内部审计工作；负责中关村管委会机关的财务工作。
(八)信息处
负责中关村科技园区信息统计数据的综合分析利用，推进信息化建设；负责协调建立统一的中关村科技园区信息管理与服务体系、预测预导系统、经济运行和企业评测系统；负责管理中关村科技园区的网站建设，推进中关村科技园区电子政务工作。
(九)国际合作处
负责中关村科技园区的国际交流与合作工作；负责中关村科技园区的外事工作；负责中关村科技园区驻海外联络处的筹建、联络和管理工作；负责指导中关村科技园区留学人员创业服务机构的有关工作。
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