这次房地产开发建设用地清理整顿的基本原则是：尊重历史，实事求是，清查从严，手续从简，依法办事，边查边改。
对清查出来的问题处理的主要政策界限是：
(一)对于1995年1月1日《
城市房地产管理法》实施以前的房地产开发等违法用地。其四至清楚、土地权属无争议的，办理建设用地和土地确权变更登记手续可以简化；利用国有划拨土地的，可依法根据现有土地使用性质，办理划拨或出让土地手续。利用集体土地的，依法处理后，给开发企业或现土地使用者完善征用划拨或征用出让手续。
(二)对于1995年1月1日《
城市房地产管理法》实施以后至1999年1月1日新《
土地管理法》实施前的房地产开发等违法用地，要依法查处后，按规定办理建设用地、土地确权变更登记等手续。利用国有划拨土地自建或联建住宅的，对自建用地部分可由现土地使用者根据现土地使用性质，依法办理国有划拨或出让土地手续；对联建用地部分，经依法处理，给现土地使用者办理出让土地手续后，办理土地确权登记。利用国有划拨土地进行商品房开发的，经依法处理，给房地产开发企业或现土地使用者办理国有土地出让手续后，办理土地权属登记。利用国有划拨土地进行经济适用房开发按市场价出售的，由物价部门会同建设、国土资源等部门查实核定，经依法处理，向违法主体追缴土地出让金后，由其补办土地出让手续，给现土地使用者办理确权登记。利用集体土地进行房地产开发的，经依法处理，向违法主体追缴土地出让金后，由其补办土地征用出让手续，给现土地使用者办理土地权属登记。在“冻结耕地期间”非法占用耕地进行房地产开发等非法占地的，要落实占补平衡方案，占补平衡不能落实的，追缴耕地开垦费。
(三)对于1999年1月1日以来非法占用土地进行房地产开发的，必须严格按照新《
土地管理法》、《
城市房地产管理法》等法律、法规及有关政策规定进行严肃处理，该拆除的拆除，该没收的没收，应交的有关税费必须按规定标准交纳。情节严重的要追究有关责任人的责任，构成犯罪的，移送司法机关依法追究刑事责任。
(四)对房地产开发企业用地未按规定办理国有土地出让手续，但按照当地政府的统一安排投资城市基础设施或公共设施建设的，或房地产开发企业以其他形式向政府交纳实物地租，政府以划拨方式供应土地的，当地政府必须与房地产开发企业算清账目，由房地产开发企业或现土地使用者补办国有土地出让手续，补交土地出让金的差价部分。
