一是开发与保护不协调，资源破坏严重。野生食用菌的开发利用基本上处于“自然生长、自由采摘、自发交易”的状态。近年来，冬虫夏草和松茸等一些珍贵野生食用菌出现了被无节制采集的问题。由于掠夺式采集，有的地区出现了资源量减少，产品质量下降，甚至菌类赖以生存、生长的生态环境也遭到了严重破坏，已经影响到野生食用菌的可持续发展利用。
　　二是人工栽培食用菌的发展严重滞后，全省人工栽培食用菌的产量不到9万吨。
　　三是缺乏有效的科技支撑体系。食用菌相关技术的基础研究也相对滞后，野生食用菌促繁、驯化、遗传育种和模拟栽培等许多科学技术问题未受到重视。国内已成熟的食用菌规范化栽培技术未得到有效推广运用。食用菌加工技术落后，保鲜技术跟不上，技术含量高、附加值高的产品不多。
　　(三)发展思路及目标。坚持以经济建设为中心，紧紧围绕建设绿色经济强省和生物资源开发创新支柱产业的战略目标，把野生食用菌资源的保护摆在更加重要的位置，按照采集量小于生长量的原则，实现野生食用菌质量和产量的稳定增长。调整云南食用菌的产品结构，大力发展人工栽培食用菌，改变云南食用菌单一利用的局面。依靠科技进步，加大投入，营造品牌，开拓市场，加强管理，锲而不舍地将食用菌产业做大做强，力争在“十五”末期使云南食用菌产业总产值超过35亿元，出口创汇超过1亿美元。
　　二、切实保护资源，促进野生食用菌产业的可持续发展
　　(四)加强资源保护。坚持保护与开发并重的方针，合理地开发利用野生食用菌资源，采集量要小于有效生长量。要正确处理政府职能部门、生产企业和农民的利益关系，落实保护责任制，建立统一管理、有效保护、限额开发的管理模式。坚决杜绝、禁止毁灭性的掠夺式采集行为。有条件的地区可试行封山育菌轮采制和分时限分片区轮采制；有关地区和部门可结合国家“天然林保护工程”的实施，搞好野生食用菌保护性开发的试点。示范工作，取得经验后再行推广。要增强农民的保护意识，调动农民保护野生食用菌资源的积极性，使农民成为保护野生食用菌资源的主体和开发利用野生食用菌产业的最大受益者。
　　(五)加强立法工作。在条件成熟时制定保护野生食用菌资源的地方性法规和政府规章。在野生食用菌资源丰富，保护任务重的地方，可以先制定一些规范性文件，乡村可以依法制定一些必要的乡规民约，规范农民的采集行为，逐步实现野生食用菌资源保护和利用的制度化、规范化、法制化。

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