三、关于汇总纳税企业统一支付费用扣除问题
上级企业统一采购物资所支付的款项或特定条件下需由上级企业统一支付的费用，其统一支付的款项或费用需所属分支机构支付给上级企业的，所属分支机构须凭上级企业开具适当凭证，支付的款项或费用方可在税前扣除。
四、关于城市商业银行、农村信用社购置单台微机等管理问题
城市商业银行、农村信用社购置的单台微机及打印机不论价值大小，均为低值易耗品，可一次或分期摊入成本并税前扣除，采用分期摊入成本、税前扣除的，摊销期最长不得超过二年。大中型机、网络(包括硬件、软件)按固定资产管理。
五、关于农村信用社管理费的问题
对经有关部门批准，新成立的区(市)县级农村信用社联社的开办费，按照当地平均费用水平确定，首先用按规定提取的管理费开支，其开支不足的部门，经市国税局核批后，可分摊至所辖的基层信用社。基层信用社按规定上交的上述专项管理费，允许在所得税前扣除。
六、关于关联企业坏帐损失的税前扣除问题
关联企业之间的应收帐款，经法院判决负债方破产，破产企业的财产不足以清偿的负债部分，按税收管理权限审批后，可允许债权方企业作为坏帐损失在税前扣除。
七、关于对税务部门查出的问题增值税发票的税前扣除
1、纳税人被税务机关检查出的有问题增值税专用发票，按规定可以更换的，以纳税人换回并经税务机关认定的发票，作为税前扣除的合法凭证。
2、对查出的不得从销项税金中抵扣进项税金的增值税发票，属于真实合法的，准予在计算所得税前扣除；属于非法取得的，在计算所得税时不得在税前扣除。
3、除上述原因，企业估价入帐的存货，年度终了(未超过三个月的除外)仍未取得合法凭证的，在计算所得税时不得在税前扣除。
八、关于校办企业减免税问题
校办企业在企业改组、改制或资产重组过程中，因股权发生变动而变成非学校全资控股的企业，从股权发生变化的年度起，不在享受校办企业的税收优惠政策，按规定征收企业所得税。
九、关于国有企业试行经营者年薪制的扣除问题
