下级稽查局对应由上级稽查局组织协查的案件，不得化整为零、拆分，不得以本级名议发出协查函或“已证实虚开的增值税专用发票通知单”。
下级稽查局根据《重大案件报告制度》上报的发票协查案件，上级稽查局应在接到报告之日起2日内确定协查组织机构，下级稽查局根据上级稽查局的决定，方可录入增值税专用发票信息。
第十五条 从认证系统、稽核系统转入的协查，需要请求上级稽查局组织协查的，协查系统自动处理。
第十六条 请求上级组织协查的案件，必须附有重大案件报告。其中：内部生成的委托协查，案件报告由检查人员撰写；从认证系统、稽核系统转入的协查，案件报告由委托岗位人员撰写。重大协查案件报告作为附件，随同请求上级组织的委托协查一并发出。
第十七条 委托协查返回结果的处理程序：
(一)委托岗位人员应每日查看是否有委托返回结果信息。对返回的委托结果，应及时登记台账、打印"增值税专用发票协查复函"、"协查处理单"、"返回发票明细清单"及相关附件资料。
(二)对内部生成的委托协查，委托岗位人员应于收到返回结果的当日，将反馈结果提交稽查局领导签批，并负责将领导签批后的反馈结果传递给检查人员。检查人员依据反馈结果和领导签批意见，归入原稽查案件进行税务处理。
(三)从认证系统导入的委托协查，返回结果分别作如下处理：
1、返回结果正常的，委托岗位人员应及时填表写"防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票协查结果通知单"，经稽查局领导审批同意后加盖稽查局公章，连同发票原件返回征收机关。返回发票原件时，须填写"防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票协查结果移送-接收台账"。
2、返回结果不正常的。对受托方为异地稽查局，委托岗位人员应立即将返回结果提交领导签阅，检查人员应依据返回结果和领导签批意见及时向受托方稽查局联系索取虚开发票清单及其他虚开证据资料(多次索取不到的，应逐级向双方共同上级稽查局书面报告)，对受票企业进行税务处理，并负责将税务处理情况及有关文书抄送征收机关。对受托方为本级稽查局的，检查人员应将检查材料传递受托岗位人员录入回复结果，同时对受票企业进行税务处理，并将税务处理情况及有关文书抄送征收机关。
(四)稽核系统生成的委托协查，委托岗位人员应及时将受托方返回的结果信息返回稽核系统。
第四章 受托协查管理
第十八条 受托岗位人员应每日查看是否收到受托协查信息，对收到的受托协查立即登记并制作"增值税专用发票受托协查交办单"(附件2)提请稽查局领导审批，对领导审批同意的受托协查，于2日内打印"案件协查基本情况表"、"增值税专用发票协查函"、"己证实虚开的增值税专用发票通知单"、"协查进行表"及附件资料，连同"增值税专用发票受托协查交办单"移送检查岗位人员进行实地检查。
第十九条 对有疑问发票受托协查，检查岗位人员应根据案件查处需要向委托方稽查局索取有关材料；对己证实虚开发票受托协查，必须及时向委托方稽查局索取加盖公章的"己证实虚开的增值税专用发票通知单"、发票明细清单及其他取证材料；对稽核系统转入的作废、失控等发票协查，检查人员应及时向委托方主管国税征收部门索取有关证明材料。
第二十条 对有疑问发票受托协查，检查岗位人员应填写"XX市(县)国家税务局稽查局增值税专用发票协查通知书"(附件3)，到涉票企业对发票情况进行调查核实。经调查初步认定涉票企业有违法行为的，应及时补充立案。
对己证实虚开发票受托协查，检查岗位人员应立即报请立案查处。
第二十一条 受托方对有疑问发票协查，必须在30日内回复调查结果；对己证实虚开发票协查，必须在60日内回复税务处理结果。遇有特殊情况不能按期完成协查事项的，应事先经省局稽查局报总局稽查局批准。
