(四)其他需要市州级稽查局负责组织查办和督办的协查案件。
第十条 负责查办的稽查局根据协查案件查处需要，可以从下级稽查局抽派人员组织实行。下级稽查局应当积极配合。
第三章 委托协查管理
第十一条 内部生成的委托协查按以下程序处理：
(一)对有疑问或己证实虚开发票需要提请协查时(包括非协查检查发现和协查中新发现)，由检查人员填写"增值税专用发票委托协查申请表"(附件1)，报稽查局领导审批，协查名称统一采取"湖南省XX市(县)有疑问协查XXXX(年份)XXX(编号)"、"湖南省XX市(县)确定虚开协查XXXX(年份)XXX(编号)"。
协查案件一案一函。
(二)检查人员应于稽查局领导审批同意后2日内，向委托岗位人员移送"增值税专用发票委托协查申请表"及相关附件材料；对己证实虚开的委托协查，应于次日以快件方式向受托方稽查局寄送加盖稽查局公章的"己证实虚开的增值税专用发票通知单"、发票清单及相关证据材料。
(三)委托岗位人员应于接收"增值税专用发票委托协查申请表"及相关附件材料2日内，将"增值税专用发票委托协查申请表"及相关材料，录入协查系统生成委托协查；委托岗位人员除根据协查系统的要求对录入信息作必要完善外，委托协查申请及其附件主要内容不得遗漏或修改。
(四)委托录入信息经审核入审核后，提请领导岗位审批。
(五)委托岗位人员对领导岗位审批同意发出的委托协查，提交网络发出委托协查；对领导岗位审批要求修改的委托协查，委托岗位人员应于2日内修改完毕并重新提请审批；对领导岗位审批要求检查人员补充相关资料的，检查人员应于5个工作日内补充完毕并重新提请审批后移交委托岗位人员，委托岗位人员应于接到补充资料的当日修改协查信息，经领导岗位审批后提交网络发出委托协查。
(六)2001年7月1日协查系统在全国运行后，手工邮寄异地协查信函的方式即已取消，凡需异地协查、取证的、均经协查系统发送协查信息。
公安机关与稽查局联合发函的可以发出纸制文件。
(七)已证实虚开的，经协查系统发送协查信息的同时发出纸制文件及相关资料。原则上，谁发电子信息谁就发纸制文件。
第十二条 防伪认证系统生成的委托协查按以下程序处理：
(一)对征收机关移送的认证不符合或密文有误发票，委托岗位人员应核对软盘数据与专用发票原件是否一致。两者数据一致的，予以签收(包括增值税专用发票原件)，并将软盘数据导入协查系统；两者数据不一致的，不予签收。
(二)从认证系统接收的信息不得修改。协查名称由系统自动生成，系统不能自动补充的信息，应手工补齐，主要包括：涉及地区、审核人、涉嫌违法事实、附加要求、附件信息以及每份票的指定受托方等。如自动补充的纳税人档案信息与发票抵扣联不一致的，应依据发票票面信息进行修改。
(三)委托协查经审核后，提请领导岗位审批。对领导岗位审批同意发出的委托协查，提交网络发出委托协查。
第十三条 稽核系统生成的委托协查按以下程序处理：
(一)省、市稽查局的委托岗位人员，应分别于每月19日、17日前，从稽核系统提取比对不符、缺联、失控、作废、重号、红字抵扣联缺联的发票信息生成委托协查。
(二)从稽核系统提取的信息不得修改。协查名称由系统自动生成，委托岗位人员应对涉及地区、审核人、涉嫌违法事实、附加要求及发票受托方等信息作必要补充。
(三)委托协查经审核后，提请领导岗位审批。对领导岗位审批同意发出的委托协查，提交网络发出委托协查。
第十四条 价税合计1000万元以上不满5000万元的协查案件，由市州稽查局组织协查；价税合计5000万元以上不满1亿元的协查案件，由省稽查局组织协查；价税合计1亿元以上的协查案件，由总局稽查局组织协查。
