(一)合法原则。设定行政审批事项必须遵循我国的立法体制和依法行政的要求，符合法定权限和法定程序。凡保留或新设立的行政审批事项必须要有相应的法律、法规和依照法定职权、程序制定的规章为依据；鉴于目前有关立法还不够完善，国务院各部门根据国务院的决定、命令和要求设定并以部门文件形式予以公布的行政审批事项一般可以作为依据。国务院各部门内设机关文件、省政府部门文件和市区县政府及其所属部门文件(市政府依照法定权限制定的规章除外)设定的行政审批，一律无效。
(二)合理原则。设定行政审批，要符合社会主义市场经济发展的要求，体现政企分开、政事分开，有利于政府实施有效管理。凡是通过市场机制或通过公正、规范的中介组织、行业自律能够解决的事项，政府应坚决放弃，不再审批。有关经营性土地使用权出让、建设工程招标投标、政府采购和产权交易等事项，必须通过市场机制来运作。
(三)效能原则。要进一步合理划分和调整部门之间的行政审批职能，简化程序、减少环节，加强并改善管理，提高效率，强化服务。一个部门应当实行一个“窗口”对外；涉及几个部门的行政审批，应当创造条件筹建行政审批中心。实行联合办公或由市政府规定的主要负责部门牵头，会同其他有关部门共同研究决定后办理；实施行政审批要规定合理时限，提高工作效率，在限定期限内及时办结。要努力改进审批方式，积极推进电子政务，运用信息、网络等现代手段，提高管理水平和效率。
(四)责任原则。按照“谁审批、谁负责”的原则，行政机关确立行政审批权时，要规定相应的责任；实施行政审批应当依法对审批对象实施有效监督，并承担相应责任。行政机关不按规定的审批条件、程序实施行政审批甚至越权审批、滥用职权、徇私舞弊，以及对被许可人不依法履行监督责任或者监督不力、对违法行为不予查处的，审批机关主管有关工作的领导和直接责任人员必须承担相应的法律责任。
(五)监督原则。行政机关确立行政审批权，要按照公开、公平、公正的原则，明确行政审批的条件、程序，并建立便于公民、法人和其他组织监督的制度。行政审批的内容、对象、条件、程序必须公开，未经公开的，不得作为行政审批的依据。持行政审批权的行政机关应当建立健全有关制度，依法加强对被许可人是否按照取得行政许可时确定的条件、程序从事有关活动的监督检查。
合法、合理、效能、责任、监督五项原则是一个有机整体，互相补充，缺一不可，在掌握和运用这五项原则时，不能割裂，不能片面强调其中一项或几项而不完整执行。符合合法原则的行政审批事项，如果不符合合理原则，该项行政审批应当通过法定程序予以取消；符合合理原则，但不符合合法原则，则应当通过相应的法定程序，制定规范性的法律文件予以设定；对于符合合法、合理原则要求的行政审批项目，要按照效能、责任和监督原则的要求进行规范和运作。
三、组织机构和实施步骤
