今后几年预算执行审计工作的指导思想是：以邓小平理论和江泽民“三个代表”重要思想为指导，按照“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的工作方针，在各级党委、政府的领导下，解放思想，开拓创新，全面落实
审计法赋予的审计职责，在整顿财经秩序、促进财政改革、加强廉政建设等方面发挥积极的作用。
预算执行审计工作是一项涉及全局性的系统工程，各级审计机关要加强领导，树立“一盘棋”思想，形成一个比较科学合理、易于操作、行之有效的工作运行机制。
(一)统一计划，突出重点。
每一年度终结，审计机关要形成统一的下一年度预算执行审计项目计划安排。确定审计项目计划时，县级以上审计机关对财政、地税、地方金库，每年要进行审计；市、州以上审计机关要对有财政资金分配权和管理使用财政资金较多的一级预算单位，每年审计1次；每年审计同级预算资金量要逐步达到50％以上。确定审计项目计划要坚持全面审计、突出重点的工作方针，突出对掌管财政资金分配权和管理财政资金较多的重点部门、重点单位，以及关系实施西部大开发战略和国计民生的重大投资项目、重点专项资金的审计。注意围绕当地预算执行审计中的热点、难点问题，确定专项审计调查项目，一并纳入计划安排。
(二)统一组织，突出主题。
根据审计项目计划，确定预算执行审计工作方案。方案编制和实施中，要切实注意以预算执行审计为主线，突出工作重点；切实改进工作方法，避免以传统财务收支审计代替预算执行审计；切实贯彻核实预算收支、揭露反映问题、提出对策建议的总体工作思路；加大对二、三级预算单位的延伸检查力度，扩展监督面和检查深度；加强协调配合，尽量避免对同一单位多头审计和各自为政问题的发生。
(三)统一报告，分别处理。
项目审计结束后，审计机关要编制审计结果报告，按规定向同级政府报告。县级以上政府要向同级人大提交审计工作报告。对查出的问题，要按规定的程序，由有关方面分别做法作出处理和处罚。
提交预算执行审计结果报告和审计工作报告，是法律规定的要求。从2002年起，县级以上审计机关必须全面实行审计报告制度，按时向本级政府和上一级审计机关提出审计结果报告；县级以上政府要向本级人大常委会作出预算执行和其他财政收支的审计工作报告。审计结果报告应重点放在向本级政府揭露和反映预算执行中存在的主要问题，提出改进建议，为政府加强预算管理服务。审计工作报告应遵循有利于人大常委会对本级预算执行和其他财政收支进行监督的原则，针对存在的主要问题，提出可行的改进意见和建议，切实发挥审计的建设性功能，综合反映全年的审计工作成果。
