(三)征、退税机关根据清算结果对多退税款(即清算应退税额为负)补缴入库，对少退税款及时补退。
四、清算内容：
(一)涉嫌骗税口岸出口货物、涉嫌骗税地区购进货物和涉嫌骗税产品出口的应退税额依据《关于生产企业出口货物税收若干问题的补充规定》大国税发[2001]5号文件有关规定处理。因单证不齐原因未退税不再重复处理，并于《生产企业单证不齐备案表》中备注栏填报字母“Z”(大写)字样；
(二)企业按照清算表所列内容逐项清算；
(三)出口货物退(免)税的计税依据适用是否准确(出口额以出口销售明细帐实际收入的离岸价为准，企业若以其他价格条款结算的，应从销售收入中减去运费和保险费等)。生产企业出口销售额是否按实际出口额申报；
(四)“进料加工”贸易方式进口的原材料、零部件，加工成品出口时是否按规定办理《进料加工免税证明》(“免、抵、退”税办法或“先征后退”办法)，未办《进料加工免税证明》的出口货物不予退税，视为单证不齐处理并于《生产企业单证不齐备案表》中备注栏填报字母“J”(大写)字样；
(五)进项税额、销项税额计算是否正确，凭证是否真实有效，与应交税金有关的帐务处理是否正确；
(六)不予抵扣税额计算是否准确无误，是否如期结转；
(七)出口货物退税率是否准确，依据《出口退税计算机管理系统》之出口退税审核系统中海关商品码库所列示退税率执行。出口高新技术产品依据高新技术产品税率库填报《高新技术企业、产品出口备案表》并附高新技术企业认定证书、高新技术产品认定证书报征税机关审核，2002年2月10日前经市局备案后确定适用退税率。
(八)有无按规定出口不应退(免)税的货物(如非自产货物)、免税货物及不退税贸易方式(如来料加工等)办理了退(免)税。
生产性集团公司从集团内生产企业成员收购产品出口和生产企业收购同类产品出口，填写《生产性集团公司、生产企业收购产品出口备案表》报征税机关审核，2002年2月10日前经市局备案后办理有关出口退税业务；
(九)出口企业办理出口货物退(免)税后，发生退关、国外退货时，企业是否向退税机关办理了申报手续并补交税款，实行“免、抵、退”税办法的出口企业是否冲减出口销售收入；
(十)出口企业申报退税所提供的出口货物报关单、外汇核销单等单据是否规范、真实有效，有无伪造、涂改、弄虚作假等问题。
