(十)关于生产企业进料加工进口料件未核销部分的处理
生产企业进料加工进口料件因种种原因有部分用于生产内销产品的，海关已按规定补征增值税。对这部分进口料件，生产企业不得作为“当期海关核销免税进口料件组成计税价格”的组成部分。
(十一)关于钢材“以产顶进”的处理
生产企业购进已免税的“以产顶进”钢材后，应按照《国家税务总局、国家经贸委、财政部、海关总署、国家外汇管理局关于印发〈钢材“以产顶进”改进办法实施细则〉的通知》(国税发[1999]68号)规定，申报办理有关手续，并将有关凭证报送主管其征税的税务机关，对上述钢材视同进口料件进行退(免)税管理。
(十二)关于生产企业出口软件产品的处理
生产企业出口销售自行开发生产的，符合上海市财政局、上海市国家税务局、上海市地方税务局《关于转发财政部、国家税务总局〈关于贯彻落实(中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定)有关税收问题的通知〉和本市实施意见的通知》(沪财办[1999]93号)规定的属增值税应税产品的计算机软件产品，企业应持海关签发的出口货物报关单(出口退税专用联)等退税凭证，按规定办理退(免)税。
(十三)关于生产企业报关出运销往外高桥保税区区内企业的销售凭证
根据
上海市国家税务局《关于上海外高桥保税区区内企业办理出口退税的暂行规定》(沪国税退[1996]55号)等有关规定，区外企业报关出运销往区内企业的销售收入，应按规定开具增值税专用发票；区外企业报关出运销往区内贸易型企业的销售收入，还应按规定出具增值税专用缴款书。
(十四)关于生产企业外轮修理的处理
生产企业发生外轮修理业务的退税办法，按照本市2001年度贸易型企业清算管理办法(附件二)办理。
(十五)关于无进出口经营权的生产企业委托代理出口销售收入认定的处理
无进出口经营权的生产企业应按照代理双方结算清单中扣除国外运输费、保险费、佣金后的销售收入，作申报出口销售收入。
(十六)关于无进出口经营权的生产企业办理出口退税凭证的处理
生产企业办理出口退税应提供下列单证：“代理出口协议书”复印件；由代理受托方主管退税机关签发的代理出口货物证明；出口货物报关单(出口退税联)；出口收汇核销单(出口退税联)；出口企业开具的外销发票；代理双方出口结算清单等。生产企业还应将购进原材料、零部件的增值税与用发票(抵扣联)分类整理，以备查核。
(十七)外高桥保税区区内生产型企业办理出口退税提供凭证
区内生产型企业办理出口退税应提供下列单证：区内企业购进区外企业货物的增值税发票(抵扣联)；区内企业购进区外企业货物时，由海关签发(加盖海关验讫章)的《出口货物报关单》(出口退税专用联)；区内企业报关出口时开具的外销发票，及由海关签发(加盖海关验讫章)的、区内企业报关出口的《出境货物备案清单》；区内企业的结汇水单或其他结汇证明；区内企业的销售明细账；税务机关要求提供的其他资料。
三、清算申报管理
(一)清算申报办法
2001年度出口货物退(免)税清算实行计算机审核与人工审核相结合办法。参与2001年度清算的生产企业，应按计算机软件操作说明步骤操作。
生产企业在申报年度出口销售收入时，应将年度出口销售收入分为单证齐全出口销售收入和单证不齐全出口销售收入。
对生产企业单证不齐的出口销售收入采用备案办法。即生产企业将单证不齐的出口销售收入先作为单证不齐的出口销售收入备案数上报，在2002年6月30日最后备案截止日前补齐相关单证的，从单证不齐的出口销售收入备案数中转为补齐单证的出口销售收入再次上报，作为单证齐全的出口销售收入。对超过备案最后截止日而仍未补齐相关单证的，原单位不齐出口销售收入备案数按
上海市国家税务局《关于对本市国有生产企业和外商投资企业出口货物应取得法定凭证及税务处理问题的通知》(沪国税退[1998]3号)规定，视同内销申报纳税。
