(一)纳税人兼营增值税免税、减税项目的，应单独核算免税、减税项目的销售额并严格划分免税、减税项目所耗用的进项税额。未单独核算销售额的，不得免税减税，进项税额划分不清的，不得予以抵扣。
对享受企业所得税减免税优惠政策的企业，必须严格按照税收政策法规及财务会计规定，正确如实进行财务核算和税收事项的处理，不得虚增收入、少列或少转成本费用以及当期税前扣除项目应扣未扣等。对违反规定的，取消享受企业所得税减免税优惠政策的资格。
(二)纳税人在减免税期间应如实申报减免情况，未如实申报的，不得享受税收减免优惠，并按税收法律法规的规定进行处理。
(三)加强减免税管理的基础工作。减免税资料的管理要本着真实、完整、方便查阅的基本原则，管理部门和综合业务部门(八区)或税政部门(五市)应明确各自在减免税资料管理中的职责和分工，尤其要保证在部门传递交接过程中资料的安全和完整。认真作好减免税数据的统计上报工作。各单位应采取措施确保在岗位、人员发生变动和交流时，资料交接的程序、规定等等，不断规范减免税管理。
(四)加强增值税减免税企业使用专用发票的管理。除粮食购销企业以外，全部销售免税货物的纳税人不得开具专用发票，需要开具发票的，应当开具普通发票，凡开具了专用发票的，一律不得享受税收优惠。对全部生产免税货物的企业有剩余专用发票的，要全部收缴。
五、努力作好事后管理，加强监督检查，严格各项考核制度和责任追究制度。
两级税务机关在严把资格认定关的同时，对享受减免税优惠的企业要实行动态管理，对减免税情况定期进行跟踪检查，及时了解情况，发现问题，年终要对减免税情况进行清算。对符合条件的，允许享受优惠政策；对不符合条件的年度、月份，不予享受税收优惠政策，将享受减免的税款追回；对弄虚作假的企业要坚决取消其减免税资格。同时，要加强对退税审批环节的监督管理，对已经过资格认定的享受减免税优惠的企业进行退税时，要严格审查并坚持集体审议的原则，建立起有效的监督制约机制。市局将对减免税政策的执行情况进行检查，一旦发现问题，将按照岗位责任制考核的要求严格考核，并按执法责任制的要求追究有关人员的责任。
六、建立公示制度，提高减免税的透明度。
为确保减免税审核审批工作的公平、公正和公开，防止“暗箱操作”现象的出现，市局决定自2002年度起，对各主管国税机关已办理审批完结的减免税情况，应在办理完结后五个工作日内，在办税大厅内通过大屏幕和国税网站等形式，将减免税企业名称、减免税种、减免类型、减免期限等内容对外进行公示，同时应设立专用电话，欢迎并接受社会、广大纳税人的监督，及时受理举报和解答有关的咨询。对已受理的举报各单位应及时进行调查落实，对发现的问题应严格按照有关税收政策规定及时进行处理，同时按照执法责任制的要求追究有关人员的责任。
