(一)要正确处理工程效益与全局利益的关系。水管单位改革要严格遵守国家有关法规，严格服从政府对防汛抗旱的统一调度，严格服从水行政主管部门对水资源的统一管理，严格服从和维护公共利益。要保证水利工程原有效益的发挥，不得擅自改变工程设施的功能。要明确经营者对工程日常管理维护监测责任，把安全运行责任落实到人，一旦出现安全事故，要依法纪追究责任。
(二)要正确处理水利工程的特殊性与改革的普遍性的关系。改革一定要从实际出发，必须结合水利工程的特点进行。
首先必须明确，绝大多数水利工程具有公益性，但又不是纯公益性；它主要服务于弱质产业一农业，不可能赢利，也不能以盈利为目的。这就决定了工程离不开国家扶持，但又不能依赖国家。
第二，水利工程是在有限的水资源、有利的地形位置上修建的，在目前农业和农村经济发展的水平下，用水价格仍然要求实行政府定价或指导价。
第三，水利工程主要是改变降水不均、降水稀少等不利自然条件对农业的影响，是抗御自然灾害的手段，其水管单位改革只允许搞好，不允许破产。要求我们在改革中一要加强领导，二要依靠群众，即依靠全体用水户。
第四，水利工程对农田灌溉供水主要是对降水不足的补充，这就决定了它的服务间歇性、不定时性、不定量性；但对工程的维护却是常年性和时刻待命性。要求我们在管理人员配备上和服务收费上不同于一般服务组织。
第五，水利工程是一个有机整体，上下左右互有牵连，只有发挥它的整体效能，才能使它的效益得到最大发挥。改革中一定要统筹考虑，因地制宜，民主参与，科学决策。改革要从渠首直至用水户，万不可把它割裂开来。
(三)要正确处理规范程序与推进改革的关系。水管单位改革政策性强，要加强调查研究，周密组织，正确引导，严格程序。制定改革方案，包括改革的形式、内容、目标的确定，都要充分尊重群众的意见，要按照《
水利国有资产监督管理暂行办法》(国资产发[1996]5号文发布)的规定，严格按程序办事。工程设施产权改制方案，必须由同级政府、财政主管部门、水行政主管部门以及受益区干部群众代表参加，共同协商，民主决策，并报同级人民政府批准后实施。水利工程土地使用权的有偿使用，须经县(市)以上人民政府审批；转让水利工程的国有土地使用权，受让方应向所在地国土资源管理部门办理土地使用权有关手续，并按规定缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费。
