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(一)基层管理部门职责
基层管理部门主要负责生产企业每月的纳(免、抵)税申报、报表对审及相关管理工作。
1、负责受理生产企业的纳(免、抵)税申报，并接收相关资料；
2、负责对生产企业纸制申报表进行审核；
3、负责对生产企业的纳税申报表与CTAIS申报数据的核对；
4、负责对实行“免、抵、退”税生产企业的进项税额、内销货物销售额等情况的确认，负责对发现存在疑点的原材料进项发票发函协查，防范和打击偷、骗税；
5、负责审核生产企业出口货物是否为自产货物，实地核查企业有无生产能力；
6、根据基层退税部门的“免抵退工作联系单”，对需要调整及补税的，责令企业改正或补税；
7、负责“来料加工”、小规模纳税人出口免税申报的管理；
8、根据基层退税部门提供的生产企业未使用的出口电子信息，核实企业是否按规定进行纳免、抵税申报；
9、负责协助基层退税部门做好所辖生产企业“免、抵、退”税清算工作，政策的宣传、培训和指导。
(二)基层退税部门职责
基层退税部门主要负责受理生产企业的退税单证齐全后的“免、抵、退”税申报、单证对审及电子信息审核工作。
1、负责受理生产企业申报的电子数据的预审，并将预审情况反馈企业；
2、负责受理生产企业正式申报，审核原始退税单证的合法性及真实性；
3、负责将生产企业申报信息与外部信息核对审核，并进行疑点发函、核实及调整；
4、负责接受生产企业开具证明申请，经审核后出具相关证明；
5、负责将生产企业申报的“免、抵、退”税数据与纳(免抵)税数据进行核对，审核确认“免、抵、退”税额，向主管退税机关报送审核资料；
6、根据主管退税机关出具的《生产企业出口货物“免、抵、退”税审批通知单》通知国库办理调库；
7、负责将生产企业每月出口信息及未用电子信息与企业纳(免、抵)税情况进行对比，对生产企业出口未申报纳(免、抵)税情况反馈基层管理部门核实；
8、负责根据有关部门转来的金税工程交叉比对情况，稽查查补税款情况，核实企业是否存在多退税款情况；
9、负责所辖生产企业的“免、抵、退”清算及政策管理、宣传、辅导；
10、负责向主管退税机关报送有关资料。
(三)主管退税机关职责
主管退税机关主要负责“免、抵、退”税的复核、退库、“免、抵”调库的审批、“免、抵、退”税的评估及涉嫌骗税的函调工作。
1、负责办理生产企业出口退税登记及办税员的考试、发证工作；
2、负责“免、抵、退”税外部电子信息的接受、清分和生产企业“免、抵、退”税审核程序的维护；
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