第二阶段(8月16日至9月25日)为重点检查阶段。各单位要组织专门队伍开展专项检查工作，对发票用量较大的单位，可采取实地检查方式进行；对发票用量较小的企业或个人，可采取调阅检查方式进行；对于个体业户的检查要与其定税情况结合进行。检查完毕后，检查人员要填制《普通发票检查情况报告》，并按规定出具税务处理决定书和税务行政处罚决定书。
第三阶段(9月26日至月30日)为整改建制阶段。在完成专项检查的基础上，各单位要自查发票管理情况，主要检查发票制度是否健全、完善和落实，发票印制、代开是否符合规定程序和按规定收取税款，发票的检查和处罚是否符合规定要求。特别要针对本次专项检查中发现的问题，认真总结，提出措施，完善制度，进一步提高发票管理水平。
检查中要注意收集有关情况和数据，9月10日前对前一阶段工作情况进行小结，将工作开展情况及工作中存在的问题及《普通发票检查情况统计表》通过NOTES报市局征管处，检查工作全部结束后，要于9月30日前，将统计表和书面总结上报市局。
对专项检查问题的处理，必须依据《征管法》、《
发票管理办法》及其实施细则和有关规定执行。要鼓励和提倡消费者对发票违法行为的举报，举报案件一经查实，要按规定给予举报人奖励。在检查中发现的重大偷税行为，要移交稽查部门查处，并公开曝光。检查中要做到定性准确，宽严适度，程序合法，手续完备。对违法事实清楚，证据确凿，需要给予行政处罚的，应严格按照《
中华人民共和国行政处罚法》和有关法律、法规、规章的规定程序和数额实施处罚，最低处罚限额为：
(一)对未按规定开具普通发票行为的处罚原则上：
1、应开具而未开具发票的，由税务机关责令改正，并处每份200元以上的罚款；被查处两次以上的，处以每份500元以上罚款。
2、对单联填开或上下联金额等内容不一致的以及对开具票物不符发票的，由税务机关责令改正，并处每份1000元以上的罚款。
3、发票填写项目不齐全，包括未填写客户名称全程个人消费除外、未填写填票日期、大小写金额未封顶、超面额开具以及印章加盖不清难以辨认等，或者涂改发票的，由税务机关责令改正，并处每份20元以上的罚款；被查处两次以上的，处以每份50元以上的罚款。
4、转让、转借、代开发票的，由税务机关责令改正，没收非法所得，并处每份1000元以上的罚款。
