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南京市交通局(24项)
1、市公路、水路建设工程项目报建及施工许可证审批、审核
2、港口建设项目的审批、审核
3、汽渡及客渡口的设立、迁移和废止的审批
4、铁轮车、履带车和其他可能损坏公路路面的机具行驶公路的审批
5、超限运输车行驶公路及使用汽车渡船的审批
6、在公路用地范围内设置公路标志以外其他标志、增设平交道口及公路两侧设置加油站和其它设施的立项，需要跨越、穿越、占用、挖掘公路、公路用地或改建、新建公路的施工审批
7、《道路运输经营许可证》、《道路运输证》发放审批
8、非本省注册的道路运输经营者在本省设立客货运输业务机构的审批
9、《水路运输许可证》、《水路运输服务业许可证》发放审批
10、《水上水下施工作业许可证》的审批
11、《江苏省水上供油作业资质证明》的审批
12、修建与航道有关的设施或者治理航道、引水灌溉的审批
13、在通航河流上设置专用标志、设置渔标和军用标的审批
14、在渡口区域内埋设水下电缆、管道、从事其它有碍渡口设施和渡运安全的审批
15、高速公路客运审核
16、内河船舶登记证书的核准
17、水上锚区停泊区的划定与调整审核
18、公路两侧单位和个人搭接公路的审批
19、《营业性危险货物运输许可证》、《营运证》及《危险品临时运输许可证》的审批
20、机动车维修企业、特约维修中心(站)资质审批
21、在航道范围内打捞作业、临时装卸、架设穿越航道的管线、设置移动撤除航标、广告牌等可能影响航道及设施完好的活动审批
22、在航道内养殖水生作物或者设置网簖的审批
23、公路行道树砍伐、修剪以及对公路用地上树木更新砍伐的审批
24、社会工程船舶与通航有关的疏浚、清障、打捞的审批
南京市水利局(6项)
1、直接从地下或者江河、湖泊取水的取水许可证的审批
2、地下水凿井审批
3、市管河道工程占用许可审批
4、水土保持方案、水土保持方案报告表的核准
5、在市管水利工程及河道管理范围内新建、扩建、改建各类工程和设施的位置和界限的审批
6、在水利工程范围内的排污口的设置、扩大审核
南京市农林局(19项)
1、林木采伐许可证的审批(国有林年伐连片50亩以下，间伐100亩以上；集体林年伐100亩以上)
2、狩猎证的审批
3、动物诊疗许可证的审批
4、使用国家规划确定用于养殖业的全民所有的水域、滩涂的养殖证和市管水域渔业捕捞许可证的审批
5、种子生产许可证、种子经营许可证的核准、分级审核
6、进行勘察、开采矿藏和各项建设工程征用、占用林地的审核
7、水产种苗生产许可证的审批
8、动物防疫合格证的核准
9、兽药生产、经营许可证的审核
10、二级保护水生野生动物特许捕捉证、训养繁殖证、经营利用证、运输证的申请审核
11、县级种畜场、父母代种禽场、县级改良站《种畜禽生产经营许可证》的核准
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