(一)对不在同一区县境内设立机构的纳税人，凡按照本办法第五条规定，应当向当地国税机关办理税务登记和注册税务登记的，不论总机构还是分支机构，均应当对在不同区县所设机构的销售额、成本和费用等生产经营情况单独进行核算。并分别向驻地国税机关申报缴纳税款，报送财务会计报表、纳税申报表和有关纳税资料，自觉接受驻地国税机关的日常管理和监督。
(二)增值税、消费税原则上以机构所在不同区县的实际生产经营情况为依据单独计算交纳；确实不能单独计算的，由总机构统一计算，按照不同机构实际发生的销售额比例或成本和费用比例进行合理划分，由总机构或分支机构按规定分别向总机构和分支机构所在地国税机关申报缴纳。
(三)所得税实行由总机构统一核算，按各机构的实际销售额比例、成本和费用比例、资产比例、职工人数比例或工资数额比例实行“按月(季)预缴，年终汇算清缴”的办法，由总机构或分支机构按规定分别向总机构和分支机构所在地国税机关申报缴纳。不同区县所得税政策有差异的，应根据国家的税收政策规定，按不同机构的所得额分别计算缴纳所得税。
(四)不在同一区县境内设立机构的纳税人，机构之间相互移送的货物用于对方销售的，应作视同销售处理。如果机构之间相互移送的货物全部或大部分用于对方销售，各机构必须单独向机构所在地国税机关申报缴纳增值税和消费税。销售额按照当月同类货物的平均销售价格、最近时期同类货物的平均销售价格、组成计税价格的顺序确定。否则，由总机构统一计算，按照一定比例进行合理划分，由总机构或分支机构按规定分别向总机构和分支机构所在地国税机关申报缴纳。
第七条 发票管理
(一)纳税人跨区县设立的机构，凡根据本办法第五条、第六条规定应当单独办理税务登记并单独计算缴纳增值税、消费税的，其所需的增值税专用发票、普通发票和税控装置等由驻地主管国税机关负责供应和管理。发票不得跨区县使用。纳税人应当分别向机构驻地的主管国税机关办理领购手续，并接受主管国税机关的管理和监督。
(二)对不具备单独办理税务登记并单独计算缴纳增值税、消费税条件，需要由总机构统一计算，分别缴纳的，其所需用的增值税专用发票、普通发票和税控装置等由主要从事实际生产经营管理的机构所在地国税机关负责供应和管理。纳税人应当统一向主要从事实际生产经营管理的机构所在地的国税机关办理领购手续，并分别接受驻地国税机关的管理和监督。
主要从事实际生产经营管理的机构所在地是指在纳税人全部销售额或成本中实际发生额所占比例最高、实际从事生产经营管理的人员和业务最多的区县。
