资料审核岗位人工审核人员应根据接单人员提交的申报资料，认真核对各原始凭证和报表是否完整、装订是否规范、申报表填列是否齐全。经审核发现不完整的，应及时通知生产企业补交。
审核《免抵退税汇总表》与《出口明细表》中数据的自身逻辑关系是否正确，金额合计数是否一致，《免抵退税汇总表》、《出口明细表》与电子数据是否一致。若不一致，审核人员应将申报资料退回生产企业重新申报。
审核各原始凭证是否符合相关法律、法规、规章，《出口明细表》中的数据是否与原始凭证相符。在审核中发现错误，审核人员应通知企业修改。
审核后，审核人员分别在各申报表中签署意见，留存各申报表一联并将电子数据与其他联次的申报表提交计算机审核岗位。
六、退税部门计算机审核计算机审核岗位审核人员对人工审核人员提交的已通过单证对审的数据，在出口退税计算机审核系统内进行自身逻辑关系检查及外部信息对审处理。
审核时产生的疑点由计算机审核人员负责调整。企业申报错误产生的疑点，退回申报受理岗位，属于本期的错误，由人工审核人员在系统内更正，并修改申报报表；属于前期的错误，用调整法调整。经核实可以人工挑过的疑点，设置人工挑过标志。经核实不应人工挑过的疑点，审核人员在系统内删除申报数据，并通知企业撤消申报资料。疑点调整后应重新进行计算机审核。
计算机审核分为明细数据审核和汇总数据审核两个步骤，并且汇总数据审核以明细数据审核确认为前提。明细数据审核通过后，审核人员直接确认，将数据转入历史库；然后进行汇总数据的审核，汇总数据审核通过后，审核人员应将企业退税资料上报主管局长。
主管局长对本退税部门审核通过的退税资料应做最终的确认工作，确认无误后，应在计算机审核系统内做汇总数据的确认；或主管局长在企业退税资料上签署批准意见，授权审核人员确认汇总数据。汇总数据确认后，审核系统自动生成免抵退税审批数据。
审核人员将审核确认的企业退税资料交档案管理档案管理人员，档案管理人员将《免抵退税汇总表》二联、《出口明细表》一联、进料加工业务报表一联及审核结果的电子数据反馈给企业；将各申报一联按要求装订成册，与企业申报的其他资料一同归档管理。
七、退税部门上报资料退税部门每月终了后25日内，向退税机关综合科报送当月审核通过的企业《出口明细表》二联、《免抵退税汇总表》二联及《生产企业免抵退税资料交接表》(以下简称《交接表》)一式二联。综合科交给人员核对《交接表》内容与报表一致后，在《交接表》上签字，返给退税部门一联，将另一联留存备查。
