出口企业要严格按照有关要求整理、装订退税单证资料，单证资料要求整洁、整齐，便于翻阅和审核。根据单证装订上存在的问题，对退税单证装订作出统一规范：单证左起1cm处为装订线，装订应美观、结实。对不符合规范的，将予退回重订。同时在单证右上角应注明企业内部编码，内部编码为换证后出口退税登记证的后四位数。
六、关于出口退税单证编码问题
为了适应新系统的要求，出口退税单证编码规则应作相应调整，具体为：单证编码为7位码，第1位代表当年申报当年应退或跨年申报上年结转应退，用1、2分别表示；第2-3位代表应退税款所属年度；第4-5位代表申报月份；第6-7位代表月份申报册次。如企业2003年5月申报2003年应退税款3册，单证编码为1030501-1030503；2003年5月申报2002年结转应退税款3册，则单证编码为2020501-2020503。
七、关于出口退税相关证明开具问题
启用新系统后，出口企业申请办理代理出口证明、退关退货证明、补办关单、补办核销单等相关证明材料，应先填写纸质申请表，由退税代理录入“申报系统”(自录企业除外)，生成申报数据软盘，凭申报软盘、纸质申请表及相关单证向退税机关申请办理。退税机关将软盘数据读入“审核系统”，审核通过，予以开具；审核不通过，退回企业重新调整并删除未通过的单证申报数据。
八、关于报关单电子数据问题
根据总局和海关部署的规定，2003年1月1起正式启用口岸电子执法系统“出口退税子系统”，出口企业必须在网上核查并准确地确认、提交报关单“证明联”电子数据。出口企业未按规定进行确认、提交的，将导致报关单查无电子数据，不能申报出口退税。各企业务必引为重视，指定专人负责报关单电子数据的确认、报送工作。在核查过程中，一旦发现报关单查无电子数据或者纸质关单与电子数据内容不一致的情形，要及时与出口地海关、海关总署信息中心、电子口岸数据中心联系解决。出口企业未按规定进行数据报送或数据报送操作失误，造成无电子数据或电子数据与纸质报关单不符的，责任由企业自负。口岸电子执法系统“出口退税子系统”启用后，出口企业能随时了解、掌握本企业报关单电子信息情况，不需再到退税代理查询。报关单电子数据的核查要求详见附件3。
九、关于增值税专用税票、核销单电子数据问题
