(一)关于退免税计算方法方面的问题。
　　1、关于进料加工进口料件计算方法的选择问题。
　　“规程”及“总局软件”规定，对进口料件计算允许在“购进法”和“实耗法”中选择一种，按照本市实际情况，本市统一采用“实耗法”。
　　2、关于进料加工登记录入申报及审核依据问题。
　　对使用“总局软件”前，尚未办理过《进料加工贸易申请表》的新发生进料加工登记，其计划出口额、计划进口额，可依据相应手册《企业加工合同备案表》中的计划出口总值、计划进口总值填报；对已办理过《进料加工贸易申请表》的，按照该表的计划出口总值、计划进口总值填报。企业在正式申报《进料加工登记表》时，应同时提供相应的《企业加工合同备案表》复印件(加盖公章)或《进料加工贸易申请表》复印件(加盖公章)，交征税分局审核。
　　3、关于新企业只免抵不退税问题。
　　按照“规程”和“总局软件”，对新企业首次出口未满12个月的，只免抵不退税，第13个月开始予以免抵退。税务机关应按此原则进行退税方法的核定，企业应按税务机关核定的方法进行申报系统的系统配置设定。为便于操作，对2002年已参加清算的企业，准予在启用“总局软件”时按免抵退税处理；对2002年未参加清算的，未满12个月的，退税方法确定为“免抵”，第13个月变更为“免抵退”。由“免抵”变更为“免抵退”的企业，应于第12个月内向征税分局申请变更，并填报《出口退税登记税务核定联系单》，由征税分局核定后通知退税分局变更有关企业登记信息中的退税方法。
　　(二)关于若干申报审核的业务口径问题。
　　1、关于出口日期问题。
　　2003年“口岸电子执法系统”出口退税子系统正式启用后，出口日期申报口径为海关出口报关单有关“出口日期”栏目所载日期，如出口报关单“出口日期”栏目未载明的，按报关单放行栏中海关注明日期填报。
　　2、关于出口销售收入确定依据问题。
　　(1)企业申报出口明细，必须做到外销发票与出口报关单、外汇核销单所载内容一致，企业申报应按海关出口报关单的记录条数逐条申报，做到发票所列各出口商品名称、规格、数量与出口报关单所列相符，报关单所列外汇核销单号与外汇核销单所列一致，否则，按单证不齐处理。
　　(2)企业计算免抵退税的FOB价金额按外销发票所列的FOB价申报，应与出口报关单、外汇核销单一致。如不一致，企业在申报时应书面报告，逐一说明差异原因，报征税分局认定。

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