退税指标税收收回(包括退运税收收回和查补等退税款收回)的开票、入库的管理，均由退税分局负责办理。
(四)单证管理。
1、已纳入“总局软件”单证管理范围的4种证明，包括代理出口未退税证明、退运已办结税务证明、补办出口报关单证明、补办收汇核销单证明，由征税分局负责办理。
(1)征税分局负责受理企业申请，审核、审批并开具证明。
(2)企业申请办理“退运已办结税务证明”时，如该笔出口收入在前一年度已办免抵退税的，应先向退税分局申请补税。具体办法为：企业应先手工填报《出口货物退运补税报告》(附件二)，报有关退税分局，退税分局审核同意后为其开具税票，收回已退税款，并签注《出口货物退运补税报告》交企业，企业据此办理单证电子申报录入及单证办理申报，向征税分局正式办理单证开具。
(3)鉴于2003年是衔接之年，补办“代理出口未退税证明”、“出口报关单证明”、“收汇核销单证明”3种单证所涉及的出口收入，有可能已作为2002年免抵退申报。为便于征税分局办理，清算后退税分局将2002年审核系统退税已审批的全部出口信息移送给征税分局，供其查询。在清算尚未结束、数据还未反馈但需办理这3种补办单证时，由征税分局按企业在征税端的申报数据进行查询并办理。
2、未纳入“总局软件”单证管理范围的两种证明，分别情况办理。
(1)来料加工免税证明管理。
对来料加工的管理仍暂按现行办法，由退税分局为企业办理来料加工免税证明的各项管理(包括免税证明开具，手册核销)。
(2)进料加工项目管理。
目前退税分局对进料加工项目管理主要是两个方面：一是根据国家对加工贸易管理的审批要求，在外经贸部门批准加工贸易合同后、办理海关手册前，进行项目确认审批；二是在海关手册办理后，按手册登记主要指标，核定进料加工手册计划分配率，为企业出具《进料加工贸易申请表》，以便征税分局在手册核销前按准确的计划分配率计算进口料件调减免抵退税额。
使用“总局软件”后，为简化手续，方便纳税人，除对加工合同项目确认审批暂维持现状，由退税分局办理外，对计划分配率的核定按照“规程”及软件设定，纳入日常申报、审核流程中，企业可不再事先向税务机关申请出具《进料加工贸易申请表》。
(五)退税资料管理，根据相应的职责，由征、退税分局
负责。具体办法另行制定。
三、有关业务掌握口径问题
