3、对发生过虚开增值税专用发票行为的商贸企业取得的手写版专用发票抵扣联，发现有异常情况的。
4、税务机关认为有其他异常情况的。
五、加强代开发票管理工作
(一)按照国家税务总局的规定，并结合本市实际，自2003年7月1日起，企业不得开具跨本市的手写版增值税专用发票，如需开具的，应按规定由主管税务机关按货物或劳务的适用税率代开。
(二)主管税务机关为企业代开手工版增值税专用发票，可以比照国家税务总局关于为小规模纳税人代开专用发票的管理办法进行规范操作。具体要求和程序如下：
1、企业向主管税务机关书面报送开票申请书(附件3)，并提供销售合同、进货凭证、进货款项支付凭证、库存商品明细账等有关书证，能够证明其销售业务的真实性。
2、主管税务机关应对企业报送的资料进行严格审核，审核发现有嫌疑的，不得为其代开专用发票，应由纳税人补充说明开票理由或补报有关资料。
3、各税务分局应指定专人为企业代开手工版增值税专用发票，明确审核、开票、复核岗位职责，并制订具体的操作程序，对每一份开出的发票，应当有审核人、开票人、复核人的相关记录。
4、主管税务机关代开增值税专用发票，除加盖企业发票专用章、销货单位栏戳记外，必须同时加盖主管税务机关代开增值税专用发票专用章。
(三)主管税务机关为企业代开增值税专用发票应收取工本费，收费标准、收款凭证等可按现行为小规模纳税人代开增值税专用发票的有关规定办理。
六、加强协查工作程序管理
(一)各税务分局要严格按照《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票协查管理办法〉的通知》(国税发(2000)180号)规定，进一步加强增值税专用发票的协查管理。特别是开具的增值税专用发票尚未全部纳入防伪税控系统之前，应严格按规定加强对手写版专用发票的协查工作。
(二)主管税务所在审核纳税申报资料时，要加强对企业抵扣凭证的检查，按规定对有异常情况的手写版增值税专用发票应及时填写《手写版增值税专用发票移送协查台账》报分局稽查(管)科，并在3日内通过手工录入协查系统并发往开票地税务机关协查。主管税务机关收到协查结果后，在5日内通知受票企业。
(三)主管税务机关收到协查发票的，应在规定的时间内完成协查工作，并及时将协查结论回复有关税务机关，回复时间最长不得超过一个月。对已证实是虚开代开发票的，应当在二个月内回复税务处理结果。
