(二)产权界定。各地财政部门要会同经贸、税务、供销社等有关部门，在清产核资的基础上，本着“依法确定、尊重历史、宽严适度、有利监管”的原则，对棉花企业进行产权界定。除国家法律、法规另有规定外，棉花企业产权界定工作按照国家经贸委、
财政部、税务总局《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资产权界定暂行办法＞的通知》(国经贸企[1996]895号)的有关规定执行。
(三)企业改革。在当地政府的领导下，各地供销社按照区别对待、分类指导的原则，结合本地棉花企业的实际情况，提出棉花企业改革的具体意见，报同级人民政府社企分开工作领导小组批准后组织实施。
1、净资产较多，资产质量较好，符合棉花购销、加工条件的规模较大的棉花企业，应建立现代企业制度。鼓励棉花企业通过相互参股，吸引社会法人和自然人入股，或是向社会法人和自然人转让股权，推进投资主体多元化。
2、净资产较少，资产质量一般，符合棉花购销、加工条件的中小型棉花企业，通过改组、改造、兼并、联合、出售等形式放开搞活。要大力促进股权转让流动，使经营者、经营层和技术业务骨干多持股、持大股或控股经营。涉及企业兼并的，兼并企业要承担被兼并棉花企业的全部债权、债务和职工安置工作；涉及企业出售的，出售所得应优先安置企业职工和偿还所欠银行债务。
3、资不抵债，连年亏损，扭亏无望，不能按期偿还债务的棉花企业，应依法实施破产。破产财产按有关法律规定的清偿顺序进行清偿。要把稳定工作放在首位。破产企业要妥善安置职工，对安置职工费用不足的部分，由同级供销社出资弥补，供销社无力承担的部分，由同级人民政府负担。
4、经营亏损，职工较少，债权、债务明晰的棉花企业，可关闭或依法破产。债务人与债权人对债务问题的处理达成一致意见，又能安置好职工的企业，可由供销社依法注销；对不能清偿债务，又不能达成协议的，可依法破产。积极推进棉花企业产业化经营。要打破地区、行业、部门界限，以市场为导向，通过改组、联合、兼并等形式，建立棉花生产、收购、加工、贸易一体化的贸工农企业集团。同时，要加强市棉花行业协会的管理职能，加大棉花企业布局调整和技术改造力度，淘汰落后和过剩的生产能力。
(四)社企分开。棉花企业改制后，各地供销社即与棉花企业实现社企分开。
1、社企分开后的棉花企业，应根据企业改制或社企分开具体方案，依法向工商行政管理机关申请办理改制登记或重新登记。申请登记注册时，除按照有关规定提交棉花收购或者加工资格证书外，还应提交同级财政部门出具的产权界定文件和验资机构出具的验资报告，以及中国人民银行或其派出机构认可的债权金融机构出具的金融债权保全证明等文件。棉花企业进行改制登记或重新登记，必须承担原有的债权、债务，妥善安置职工。
2、社企分开后的棉花企业要把改革、改组、改造与加强管理结合起来，转换经营机制，履行资产保值增值责任，独立承担民事责任，依法自主经营，照章纳税，自负盈亏；积极采用现代信息技术，发展现代营销方式，加强成本核算和成本管理，增强竞争实力；实行经营者聘任制和全员劳动合同制，经营管理者的薪酬与其职责、贡献挂钩。已初步建立现代企业制度的棉花企业，按照有关规定，在严格考核的基础上，对经营管理者可试行以年薪制为主要内容的薪酬制度。
