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第一阶段，自查阶段，时间为2003年6月20日至2003年7月20日，具体包括税务机关自查和企业自查两部分，上述两项工作同时进行，自查面要求达到100％。税务机关自查由各征税部门根据《税务凭证专项检查汇总表》(附表1)对已到税务机关开具企业所得税、个人所得税、营业税完税凭证、免税凭证的纳税人、份数、漏开错开税务凭证的份数进行自查、统计、说明；企业自查对象范围为：以增值税为主的外商投资企业(不含分支机构及外国企业驻厦代表处)、内资企业中的增值税一般纳税人、其他以增值税为主的且已到税务机关开具售付汇凭证的企业、单位，由国税部门负责通知，除上述企业、单位外，以营业税为主的外商投资企业(不含分支机构及外国企业驻厦代表处)、以营业税为主的到税务机关开具售付汇凭证的内资企业、或其他开具售付汇凭证的单位，由地税部门负责通知。并由主管税务部门根据收回的企业自查表及内部征管资料进行对比分析，7月25日前向临时联合工作组报送自查报告及汇总表(附表1、2)。
第二阶段，分析筛选阶段，时间为7月26日至7月31日。各基层局对自查情况(税务机关与企业)进行认真分析，并根据一定比例(标准)筛选出抽查企业，抽查比例定为有对外支付的单位10％，户数较少的应适当提高抽查比例(抽查标准定为年对外支付额10万元以上的纳税人)，并将抽查企业名单报送临时联合工作组，同时分发下达到各检查部门。
第三阶段，企业抽查阶段，时间为8月1日至9月10日。一般性检查由各检查部门根据下达抽查企业名单组织力量下户检查。对于检查中发现的涉及非各自主管税种的涉税问题，应及时上报临时联合工作组，并由临时联合工作组统一传递查处信息；对于重大嫌疑案件，由临时联合工作组共同选案，并分别抽调人员共同入户检查。抽查工作完毕后，各基层局对本次专项检查工作进行总结并填报汇总表(附表1、2)，于9月16日前上报临时联合工作组。总结内容包括：
(一)税务机关就相关税务凭证的印制、出具程序和负责此项工作的固定机构及人员情况；
(二)对汇总表(附表1、2)的说明；
(三)税务机关与当地外汇管理机关(或外汇指定银行)的合作情况；
(四)总结在执行相关税收法规过程中以及在专项检查工作中发现或存在的问题(包括漏征税款的主要原因)。
第四阶段，总结上报阶段，时间为9月16日至9月30日。临时联合工作组对各基层局上报的总结、汇总表进行汇总，分析总结并于9月30日前向总局(国际税务司、稽查局)上报全市此次专项检查的总结和汇总表(附表1、2)。
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