第四十四条 电脑版空白专用发票发生丢失被盗及流失现象后，金税工程稽核数据采集岗位应立即将有关信息录入金税工程稽核系统失控作废发票信息模块。
第四十五条 已开具的电脑版专用发票发生丢失被盗及损毁现象，主管国税机关可根据纳税人的申请开具“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”。
纳税人申请开具证明单，主管国税机关应要求其提供如下资料：
(一)销货方《税务登记证》副本(原件)；
(二)丢失专用发票的存根联及复印件；
(三)主管国税机关要求报送的其他有关资料。
各基层局接到销货方的申请，必须通过金税工程报税子系统对销货方的抄报税情况进行检查，确认销货方已将丢失的防伪税控系统开具的增值税专用发票进行了抄报税，经审核无误后，方可出具“证明单”。
第四十六条 对购货方凭“证明单”、丢失发票的存根联复印件到主管税务机关办理准许抵扣申请事宜的，主管国税机关应要求纳税人填报《增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票准予抵扣审批表》。对购货单位取得的“证明单”，主管国税机关必须严格审核，并与“审批表”共同作为准予抵扣税款的原始税务资料立卷归档。
主管国税机关必须对购货方报失专用发票是否已申报抵扣的情况进行核实，重点审查自专用发票开具月份到纳税人报告丢失月份的抵扣情况。对尚未申报抵扣的，可凭丢失专用发票的存根联复印件及“证明单”、“审批表”进行抵扣。对弄虚作假、重复抵扣税金的，按照有关法律法规处罚。
第八章 进货退出及索取折让证明的开具管理
第四十七条 纳税人办理进货退出及索取折让证明时，主管国税机关专用发票发售部门应对其报送的以下资料进行审核：
(一)《企业进货退出及索取折让证明单申请表》；
(二)《税务登记证》副本(原件)；
(三) 经办人身份证明(居民身份证、护照)；
(四) 相关专用发票的发票联、抵扣联原件及复印件；
(五) 主管国税局要求报送的其他资料。
第四十八条 专用发票发售部门对纳税人报送的资料审核后，对附送资料齐全、符合开具条件的纳税人开具《企业进货退出及索取折让证明单》，并通知纳税人在一个月内持红字抵扣联及复印件到本岗进行核销。
第四十九条 专用发票发售部门应对到期的《企业进货退出及索取折让证明单》制作清单，将清单定期传递到管理部门核实企业的抵扣情况。
第九章 专用发票的代开管理
第五十条 主管国税机关可以为小规模纳税企业代开专用发票；对个体工商户及个人独资企业、个人合伙企业能够履行增值税纳税义务的，可按小规模企业代开专用发票。
第五十一条 纳税人申请代开专用发票时，主管国税机关专用发票发售部门应要求企业如实填写《代(监)开增值税专用发票申请审批表》并提供以下资料：
