准备摸底阶段(2003年7月5日—7月31日)
各县、区环保部门会同计划、经济部门完成调查摸底，要按照清理整顿的重点，自下而上全面进行摸底，列出详细名录，根据调查摸底情况，提出初步处理意见。这次清理整顿的对象为：
1、对2000年底以后建设的项目进行一次全面清查，凡属于“十五小”、“新五小”、落后工艺、能力和产品的建设项目，一律停止建设；凡属于未批先建、补办手续的、不符合条件的一律不予批准，并责令其停止建设；违反《
建设项目环境保护管理条例》，未依法进行环境影响评价、环境影响评价未经批准、未执行“三同时”制度，污染治理设施未建成而擅自投入生产的，一律责令停产。严重影响人民群众身体健康的在建项目，一律停止建设。
2、对死灰复燃的“十五小”、“新五小”企业，国家经贸委令第6号、第16号、第32号中要求于2002年底以前淘汰而未淘汰的污染严重、危害人民健康的落后生产能力、工艺和产品一律取缔、关闭，并禁止向其他任何地区转移。取缔关停的标准是：吊销执照、拆除设备、断水断电。属淘汰工艺设备的，要建立设备销毁、登记制度，不得销售、转让。
3、对重点区域(饮用水源保护区)、重点流域(黄河、大通河、庄浪河)、重点行业(轻工、冶金、化工、建材、造纸、电镀)重点企业进行清理整顿，限期关停并转小型污染严重企业，限期治理(停产治理)重点污染企业，促进行业技术升级，扶持优势企业发展，改善区域、流域环境质量。
4、影响当地环境质量、群众反映突出的环境污染问题。
5、清理各地出台的与环境保护法律、法规相悖的文件、规定，并要限期纠正。6、对固体废物加工利用行业进行集中整顿，对非定点加工利用进口废电机、废电缆、废五金电器等单位、场所坚决依法取缔。对采用国家明令淘汰的工艺、装备进行加工利用的单位坚决取缔。
清理整顿阶段(2003年8月1日—9月30日)
各县区环保、计划、经委、监察、工商、司法、安全生产等行政主管及监督管理部门要在各地政府的领导下，严格依法完成取缔、关闭、淘汰、停产工作，全面开展整顿规范工作。从9月1日起，“市清理整顿不法排污保障群众健康环保行动领导小组”将派出督察组，会同新闻媒体记者，以明察暗访的形式，分赴各县、区全面检查清理整顿工作。
各县、区应及时对清理整顿工作进行总结，将总结报告于9月20日前上报“市清理整顿不法排污企业保障群众健康环保行动领导小组”办公室。
