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4、检查纳税人是否误操作开票系统将发票电子号码信息作废，但纸质发票正常申报纳税；或纸质发票已作废，发票电子号码信息未作废或作废不成功。
5、纳税人是否办理跨区迁移申报。
6、对“附表防伪税控系统开具的增值税专用发票金额(税额)〉本期报税系统正常发票金额(税额)”的情形，进一步分析：
纳税人在本申报期内税控IC卡或金税卡(以下称专用设备)是否曾发生故障维修，查看相关维修记录表单，核实专用设备维修前是否按有关规定将有关当期已开票等数据在抄税系统抄报。
对“附表防伪税控系统开具的销项发票金额(税额)〈本期报税系统正常发票金额(税额)”的情形，进一步分析：
(1)纳税人是否为批准享受软件产品超税负即征即退税收优惠政策的软件企业，软件部分单独申报，查看相关批准文书。
(2)根据纳税人防伪税控开票销项明细表数据，检查纳税人是否漏报或少报销项。
(3)根据防伪税控开票销项明细表，查看全部抄报数据的开票日期，是否有非本期开具发票(开票系统原因，误将下月初开具的发票提前在本期抄报)。
7、检查是否存在导致不符的其他情况。
审核处理：
1、经审核确认系申报受理岗录入错误、纳税人填写错误、纳税人发票电子号码信息误作废、办理跨区变更申报、批准享受软件产品超税负即征即退税收优惠政策软件部分单独申报、开票系统原因误将部分非本期开具的发票(主要是下月初开具的发票)一并在本期抄报的，审核后相关数据相符的，予以通过，纳税人无需修改申报数据。
2、凡纳税人会计结帐日与有关法律、法规规定不一致的，责令其按照有关规定计算当期销项税额。
3、纸质发票已作废，发票电子号码信息未作废或作废不成功的，调增本期销项，下月开具相同金额的负数发票冲减。
4、纳税人因专用设备故障，维修前未将已开具发票作抄报税处理或抄报税不成功，导致当期部分开票明细数据丢失的，审核后，未抄报的专用发票存根联数据通过认证系统进行扫描补录。
5、对纳税人漏报或少报销项的，调增其销项申报数据。
复核岗位按照《“一窗式”管理流程》要求在《信息表》作问题确认和出具处理意见，并序时登记票表稽核台帐。
审核参考资料：
纳税人申报资料、本期开具的所有发票、防伪税控开票销项明细表、发票领购情况(发票领购簿或电脑领购记录)、增值税专用发票销项统计表、防伪税控专用设备故障登记表及相关审批文书等。
(二)对“主表申报销售额(销项税额)〈附表申报的防伪税控系统开具的销项发票金额(税额)”情况的审核分析：
审核步骤：
1、核对附表与《信息表》对应栏次数据，检查申报受理岗是否正确录入相关栏次数据。
2、核对相关数据是否为纳税人填写错误。
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