(三)农村合作医疗基金用于补助参加新型农村合作医疗的医疗费用，重点对大额费用进行补助，也可实行大额费用补助与小额费用补助相结合，既提高抗风险能力又兼顾农民受益面。各县(市)、区要根据筹资总额，结合当地实际，科学合理地确定起付标准、支付范围、补助比例和最高支付限额，防止农村合作医疗基金超支或过多节余。
(四)建立健全农村合作医疗基金管理制度，按照规定合理筹资，农村合作医疗经办机构要经常深入基层，检查督导运作情况，了解农民意愿。合作医疗费用的补助要本着简化手续、方便农民的原则，采取灵活多样的方式，按照规定及时审查、核算、支付，不得拖欠。
五、医疗服务管理
(一)加强农村卫生服务网络建设，强化对农村卫生机构的行业管理，积极推行农村医疗卫生体制改革，完善乡村卫生服务管理一体化，不断提高医疗卫生服务能力和水平，使农民得到较好的医疗服务。
(二)农村合作医疗经办机构要在农村卫生机构中择优选择农村合作医疗的服务机构，并加强监管力度，实行动态管理。医疗服务机构必须与合作医疗经办机构签定医疗服务合同，并主动接受考核和监管。对违反规定者，应及时进行调整和处理。
(三)新型农村合作医疗服务机构必须保障医疗卫生服务的合理提供，认真落实各种诊疗规范和管理制度，执行农村合作医疗基本药物目录，保证服务质量，加强医疗服务的评估和控制，合理转送病人，严格控制医疗费用的不合理增长，以满足农民的基本医疗需求。
(四)对参加新型农村合作医疗的农民年内没有动用合作医疗基金的，或对重点人群(老年、育龄妇女等)每年要进行一次常规性体检，检查项目由县级农村合作医疗经办机构确定，并建立健康档案，做到有病早治，无病早防，努力提高农民健康水平。
六、监督机制
(一)各县(市)、区政府可根据本地实际，成立由相关部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督合作医疗基金管理和使用情况。农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会和同级人大汇报工作，主动接受监督。
(二)农村合作医疗监督委员会要定期对医疗机构提供医疗服务情况进行监督和评议，对服务优质、群众满意的给予表彰或奖励，对违纪者进行批评教育。对严重违纪者，按有关规定进行处罚。
(三)农村合作医疗经办机构要定期向农村合作医疗管理委员会汇报合作医疗基金的筹集和支付情况，采取张榜公布等措施，定期向社会公布合作医疗基金的具体收支、使用情况，让参加新型农村合作医疗农民直接进行监督，保证农民参与和知情的权利，确保新型农村合作医疗制度公开、公平、公正。
