设在“两区”并经省科技厅确认为高新技术企业的内资研发机构可减按 15 ％的税率征收所得税；新办的研发机构，从获利年度起，免征所得税两年，从第三年度起减按 15 ％的税率征收所得税。
第九条 对设在本市“两区”外的研发机构，给予苏州市科技专项资金资助。凡经苏州市确认的研发机构，从盈利年度起，可以参照其实际交纳的企业所得税地方留成部分的一定比例(前五年为全额，后三年为50％) ，享受先纳税，后政府财政给予补助的优惠。按企业纳税属地的原则，分别由苏州市区和各市、区具体兑现。
第十条 凡在“两区”内设立的研发机构，可享受国家赋予的特殊政策和“两区”根据国家有关规定制定的优惠政策。
第十一条 经确认的研发机构，还可以享受其他税收优惠：
(一) 其从事技术开发、技术转让以及与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，经市技术市场管理部门认定，可向地方税务机关申请免征营业税。
(二) 其在销售经国家版权局注册登记的计算机软件时，将著作权、所有权一并转让的，征收营业税，不征收增值税。
(三) 其研究开发新产品、新技术、新工艺发生的各项费用，比上年实际发生额增长10％以上(含10％)的，经核准可再按技术开发费实际发生额的 50 ％抵扣当年度应纳税所得额。
凡投资于符合国家产业政策的技术改造、高新技术产业化项目的内资研发机构，其项目所需国产设备投资额的40％，经核准可从企业技术改造、高新技术产业化项目设备购置当年比上年新增的所得税中抵免。
(四) 其进口用于自身研发的仪器、设备及配套技术、配件等，除国家规定不予免税的商品外，免征关税和进口环节增值税。
(五) 具备条件的研发机构可向有关部门申请进出口经营权，并享受出口产品退税及其他相应优惠政策。
第十二条 外资研发机构向外商购买专利权、专有技术、商标权和著作权等，其中技术先进、条件优惠的，外商取得的特许权使用费可以向有权国税机关申请减征、免征企业所得税。
第十三条 研发机构的外国投资者，将从研发机构取得的利润直接用于增加研发机构的注册资本，或投资举办其他研发机构可享受全部退还其再投资部分已缴纳的企业所得税税款。国内投资者可享受 退还 其再投资部分已缴纳所得税的地方留成部分。
