征收部门将认定结果在CTAIS纳税申报系统中设置标识。
(五)对认定具有自开票资格的纳税人，一旦发现有《认定办法》第十七条规定的情形或经年审被主管税务机关确认为不合格的，取消其自开票纳税人的资格，收回《自开票纳税人认定证书》和停止使用货物运输业发票。对取消自开票纳税人资格的纳税人，符合代开票纳税人资格的，主管税务机关可对其进行代开票纳税人资格的认定，并按代开票纳税人的有关规定办理涉税事宜。对取消自开票纳税人资格的纳税人，又不符合代开票纳税人资格的，则按税法的有关规定办理有关涉税事宜。
(六)对认定具有代开票资格的纳税人，一旦发现有《认定办法》第十八条规定的情形或经年审被主管税务机关确认为不合格的，取消其代开票纳税人的资格，收回《代开票纳税人认定证书》，并按税法的有关规定办理涉税事宜。
(七)纳税人的认定和年审工作由各主管税务机关负责实施，
《货物运输业自开票纳税人认定表》、《货物运输业代开票纳税人认定表》、《自开票、代开票纳税人年审申请审核表》和《运输工具状况明细表》由市局提供标准与样式。
《自开票纳税人认定证书》一份，由自开票纳税人归档。《代开票纳税人认定证书》正副本各一份，正本由代开票纳税人归档，副本作为代开票纳税人申请代开票的证件。
年审合格标识，“自开票纳税人”、“已取消自开票纳税人资格”专用章由市局统一印制和刻制。
二、货物运输业发票的清缴
(一)货物运输业发票的清缴与自开票、代开票纳税人的认定工作原则上应同步进行，纳税人在办理认定的同时，应向主管税务机关提交原运输管理部门核发的《上海市交通运输业统一发票购用卡》(以下简称《发票购用卡》)。
(二)对认定为自开票纳税人的，按《认定办法》的规定继续使用留存的货物运输业发票，同时返回《发票购用卡》。当自开票纳税人用完留存的货物运输业发票，需到主管税务机关领购货物运输业发票时，主管税务机关应核对《发票购用卡》上领购的货物运输业发票，对已开具的货物运输业发票进行核对，对少量未使用的空白货物运输业发票应按清理缴销发票的有关规定作剪角处理，并在《发票购用卡》上做好核销记录。发票缴销后和《发票购用卡》一并退回纳税人保管，同时核发税务机关的《发票购用印制簿》，并按规定领购运输发票。
(三)对认定为代开票纳税人的，主管税务机关应暂扣《发票购用卡》，核对、清理纳税人最后二次领购的可用于抵扣的货物运输业发票，将尚未开具的整本和零星空白发票按清理缴销发票的有关规定作剪角核销处理，并在《发票购用卡》上做好核销记录，缴销的发票与《发票购用卡》一并退回代开票纳税人保管。对不作增值税抵扣之用的其他运输服务发票，可继续使用。当纳税人下次到主管税务机关领购时，各主管税务机关应先核销不可抵扣的其他运输发票和《发票购用卡》，按清理缴销发票的有关规定将少量未使用完的空白发票作剪角核销处理，并在《发票购用卡》上做好核销记录，缴销的发票与《发票购用卡》一并退回代开票纳税人保管，同时核发税务机关的《发票购用印制簿》，并按规定领购其他非货物运输发票及不作增值税抵扣之用的《上海市公路、内河运输服务业统一发票》(新增，票样附后)。
