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1、一般纳税人自行采集。有条件使用信息采集软件的增值税一般纳税人，应根据取得的所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(一般纳税人版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。
2、中介机构代理采集。无条件使用信息采集软件的增值税一般纳税人，可委托中介机构代为采集。受托中介机构应根据一般纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(国税中介版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。
主管国税机关在纳税申报期内受理申报时，应对《增值税一般纳税人纳税申报表附列资料(表二)》中第8栏“7%扣除率”的“金额、税额”项数据与《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额”项数据进行核对，数据一致的，受理申报并使用“货物运输发票信息汇总软件”接收《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息，否则，退纳税人重新申报。
(二)数据汇总、传输、催报
1、县(市、区)国税局
纳税申报期结束后，县(市、区)国税局流转税管理部门使用“货物运输发票信息汇总软件”将增值税一般纳税人报送的《增值税运输发票抵扣清单》电子信息汇总，生成总局规定的接口文件。
每月22日前，县(市、区)国税局信息中心将当期汇总电子信息通过广域网采用FTP方式直接上传至省国税局运输发票专用FTP服务器(IP地址：76、16、16、20)“CENTRE\运输发票\××市局”目录，上传用户名和口令均为ysfp。并将该县(市、区)国税局名称和上传时间等信息报市国税局备查。
2、市国税局
市国税局流转税管理部门应督促县(市、区)国税局按时做好数据上传工作，对未及时上报的县(市、区)国税局进行催报。
3、省国税局
每月22日前，省国税局信息中心接收省地税局的货物运输发票汇总清单，并详细记录传递的时间、操作人员、文件名、文件大小、记录的发票数等情况。
每月23日，省国税局信息中心对各县(市、区)国税局上传的增值税运输发票抵扣清单进行提取、汇总、清分，并将跨省增值税运输发票抵扣清单和货物运输发票汇总清单数据上传总局。
省国税局流转税管理部门对未及时上报或上报有错误的县(市、区)国税局通过市国税局进行催报。
(三)数据比对
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