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(一)在2002年3月28日前(含28日，下同)，由市、区、县政府部门办理了项目立项，2002年12月31日前办理了规划定点并经市政府专题会议研究通过，上报审批的新征房地产开发项目用地，可以作为历史遗留问题继续以协议方式出让。2002年3月28日至2002年7月1日期间办理了项目立项等前置审批的其他新征报批用地，要视其具体情况从严审查，依照国土资源部、省国土资源厅、省监察厅有关文件精神研究处理。
(二)在2002年7月1日前，凡办理了县级以上人民政府计划部门、省级以上开发区计划部门项目立项或者规划管理部门项目规划定点的前置审批，或者县级以上人民政府、省级以上开发区管委会与开发商签订了书面项目开发协议的国有经营性用地，可以作为历史遗留问题继续以协议方式出让。
以上以协议方式出让的土地，都应逐项登记、作出说明，并将受让人及受让地块位置、面积、用途、成交地价等向社会公布，接受社会监督。
(三)下列应当以招标拍卖挂牌方式出让而以协议方式出让过的土地，在逐项登记审查并报上级国土资源行政管理部门备案后，可不作为违法违规进行处理：
1.国有划拨土地使用者申请补办出让手续的；
2.划拨土地使用权赠与或者交换的；
3.经批准以存量划拨土地使用权为条件与他人联建房屋土地不宜分割的；
4.因房屋所有权转移办理了过户登记手续致使划拨土地使用权转移的；
5.军队用地经总后勤部或者各大单位批准转让的；
6.法院裁定划拨土地使用权以地抵债而转移的；
7.存量划拨土地使用权转让地块面积在一亩以下不宜采取招标、拍卖、挂牌方式出让的；
8.企业使用的划拨土地在改制中不宜采用招标拍卖挂牌方式出让的；
9.同一个建设项目为实施城市规划改建、扩建而增加少量建设用地的；
10.以土地使用权为条件合作、合资兴办外商投资企业的；
11.国有土地使用者依法申请改变土地用途的；
12.违法用地依法处理后补办用地手续不宜采用招标拍卖挂牌方式出让的。
(四)在2002年3月28日前由市、区县政府计划部门办理了项目立项，2002年7月1日前办理了规划定点，并于2002年12月31日前将用地申请报送市、县国土资源行政管理部门的经营性项目用地，土地出让金可按原规定标准收取。其他一律按新的土地出让金规定标准收取。
除上述情况外，应当以招标拍卖挂牌出让的土地而以协议方式出让的，或者弄虚作假以2002年3月28日前、7月1日以前批准立项、取得建设用地规划批准文件、签订书面项目开发协议为由而协议出让经营性用地的，属于违规违纪行为，其协议出让合同无效，应当予以纠正并对有关责任人员视其情节轻重进行处理。
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