县级以上环保部门负责排污费的征收管理，其所属的环境监察(理)机构具体负责排污费的核定和征收。排污费实行按月或者按季属地化收缴。
省环境监察(理)机构负责核定和征收装机容量30万千瓦以上电力企业的二氧化硫排污费。市级环境监察(理)机构负责征收装机容量30万千瓦以下电力企业及昆明钢铁集团有限责任公司的排污费。五华区、盘龙区、官渡区、西山区、东川区排污费的核定和征收由市环境监察(理)机构按年委托区环境监察(理)机构征收。县级环境监察(理)机构负责本辖区内排污费的核定和征收。对于县级环保部门未设环境监察(理)机构或暂无征收能力的，可由市级环境监察(理)机构负责核定和征收。征收的排污费缴入市级国库，作为市级环境保护专项资金管理使用。
负责征收排污费的各级环境监察(理)机构，应按照排污费的征收权限，及时到同级价格主管部门申领、变更《收费许可证》，依法征收排污费。
市级环境监察(理)机构负责对下级环境监察(理)部门征收排污费的情况进行稽查。对县(市)区环境监察(理)机构应当征收而未征收或者少征排污费的，市级环境监察(理)机构可以责令其限期改正，或直接责令排放污染物的单位和个体工商户(以下简称排污者)到指定的商业银行补缴排污费，补缴排污费缴入市级国库，作为市级环境保护专项资金管理使用，对多征收的排污费应办理相关退付手续。
三、排污量的申报与核定
市环境监察(理)机构负责组织县(市)区环境监察(理)机构开展排放污染物申报登记工作。每年12月15日前申报下一年度排放污染物的种类、数量、浓度等情况，经核定认可后，作为下一年度征收排污费的依据。
四、排污费的征收标准和计算方法
排污费征收标准和计算方法严格按照国家规定的征收标准和计算方法执行，各地不得擅自更改。
对无法进行实际监测或物料衡算的禽畜养殖业、小型企业和第三产业等小型排污者，市环保部门可根据
《条例》规定，结合当地实际情况，采用抽样测算的办法核算排污量，按国家规定的征收标准和计算方法征收排污费。核算办法要向社会公开，收费标准要向社会公示。
五、排污费的具体解缴办法
排污者依据环境监察(理)机构开出的《排污费缴纳通知单》，填写《云南省财政收入缴款书》，到排污者开户银行就地向当地财政部门办理排污费缴库手续。对于未开设银行账户的排污者，以现金方式缴纳排污费的，由执收的环保部门收取后，及时存入单位“预算资金汇款专户”，填写《云南省财政收入缴款书》，按月就地向当地财政部门办理排污费缴库手续。
