排污者接到《非税收入一般缴款书》后，应当在指定的限缴日期前将排污费通过本单位开户银行缴入财政国库，未设银行账户的排污者以现金方式缴纳的排污费，由负责征收的环境监察机构使用市财政局统一监制的《上海市排污费专用收据》收取，并于收款当日汇总填制《非税收入一般缴款书》(集中汇缴版本)将收取的排污费缴入同级国库。
收缴排污费的环境监察机构应当根据《非税收入一般缴款书》回联，认真核对排污费的缴款数额，及时与国库对账，并将《非税收入一般缴款书》回联与对应的"排污费缴费通知单"存根一并立卷归档。
第七条 (违规处理)
排污者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，由负责征收的环境监察机构责令限期缴纳，并从滞纳之日起，按日计收2‰的滞纳金。环境监察机构自缴纳期限届满之日起7日内向排污者下达《排污费限期缴纳通知书》。
排污者拒不按照前款规定缴纳排污费和滞纳金的，按照《
排污费征收使用管理条例》的有关条款规定予以处罚。
第八条 (减免、缓缴排污费)
排污者遇不可抗力遭受重大直接经济损失的，可以自遇到不可抗力之日起30日内，向征收排污费的环保部门及同级财政、价格部门提出减免缴纳排污费的书面申请。其中减免排污费数额在500万元以上的，由市财政、价格主管部门会同环保部门提出审核意见，报国务院财政、价格主管部门和环保部门审批。减免排污费数额在50万元以上500万元以下(含500万元)的，由市财政、价格主管部门会同环保部门审批。减免排污费数额在50万元以下(含50万元)的，按征收管理权限，由同级财政、价格主管部门会同环保部门审批。申请减免排污费的最高限额不超过1年的排污费应缴额。
经负责征收排污费的环保部门核准后，非盈利性社会公益事业单位污染物达标排放的可以免缴排污费。
在申请、批复减免排污费期间或者企业经营困难处于破产、倒闭、停产、半停产状态的，排污者可以向负责征收排污费的环保部门提出缓缴排污费的书面申请。排污者申请缓缴排污费的最长期限不超过3个月。在批准缓缴后1年内不得重新申请。
减免、缓缴排污费的具体审批程序按照《
财政部、国家发展改革委、国家环保总局关于减免及缓缴排污费等有关问题的通知》(附件3)规定执行。
