纳税人是否使用防伪税控系统开具专用发票。
1、如纳税人未使用防伪税控系统开具发票，则不进行相关申报数据与报税数据的比对，只进行相关申报数据与认证数据的比对，将《增值税纳税申报表附列资料(表二)》中“本期认证相符且本期申报抵扣的防伪税控增值税专用发票”金额、税额数据(栏次2)与税务机关防伪税控认证子系统中的本期认证相符发票数据信息核对(小于或等于)；
2、如纳税人使用防伪税控系统开具发票，首先检测该纳税人是否抄报税，如尚未抄报税则拒绝申报，如已抄报税，则将《增值税纳税申报表附列资料(表一)》中的防伪税控开具的增值税专用发票金额、税额(栏次1、8、15合计数)与税务机关防伪税控报税子系统中当期的报税数据信息核对(等于)；将《增值税纳税申报表附列资料(表二)》中“本期认证相符且本期申报抵扣的防伪税控增值税专用发票”金额、税额数据(栏次2)与税务机关防伪税控认证子系统中的本期认证相符发票数据信息核对(小于或等于)。
3、经比对后不符的，系统返还纳税人提示，由纳税人选择修改后重新申报或强行申报。
(六) 纳税人如IC卡损坏无法报税，税务机关通过软盘只
采集明细信息的，税务机关报税岗应告知纳税人当月上门申报。
(七)管理员应及时查询比对不符企业并进行核实，按《
青岛市国家税务局关于推行增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理模式的实施意见》(青国税发[2003]164号)和《青岛市国家税务局关于明确增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理有关问题的通知》(青国税函[2003]212号)有关规定处理。
三、各基层局应于明年一月底前组织人员逐户完成2003版增值税一般纳税人期初设置的数据采集工作，并于明年一月纳税人申报后将数据录入CTAIS“期初设置”模块中。期初设置后，系统不再支持旧《增值税纳税申报表》。胶州国税局应提前一个月完成上述工作。期初设置的有关具体规定另行发文通知。
四、各基层局应在启用新版增值税申报表前，对增值税一般纳税人税种登记中的增值税征收品目、税率组织人员逐户排查和核实，确保CTAIS软件中只保留一个主营业务的征收品目和税率。如需修改，由纳税服务科(五市税务分局)在CTAIS中进行删除或修改。
五、在录入增值税纳税申报表时，必须准确录入国民经济行业，选取国民经济行业分类与代码中的最细项(小类)。
