各地人民政府应当加强安全管理，保护航道岸线资源。航道沿线镇人民政府应当制止违法设置渔网、渔簖的行为。
各职能部门按照各自职责做好有关工作，具体分工如下：
交通部门负责维护航道，保持航道设施完好；加强与通航有关设施的审批管理；核定港区、码头、装卸点的岸线利用长度以及经营单位的经营资质；取缔违法码头、装卸点、碍航网簖；纠正船舶违章停泊、违章过驳作业；查处损害航道和航道设施安全的违法行为；处理各类水上事故，维护水上运输安全秩序。
市纠风办负责航道无“三乱”的巩固和监督。公安部门负责加强水上治安秩序管理。规划部门负责加强航道及航道管理范围内建设管理，制止违法建筑。国土部门负责制止并清理违法用地。工商部门负责查处航道沿线无照经营的搬运装卸企业。水利部门负责加强相关船闸管理，限制超限船舶过闸。渔政部门负责严格渔网、渔簖审批，加强日常管理。园林绿化、农林部门负责加强航道沿线绿化管理。城管部门负责加强航道沿线环境管理。新闻、宣传部门要强化新闻报道，加大对整顿和规范水上交通运输秩序工作的宣传力度。
四、工作步骤
整顿和规范水上交通运输秩序工作共分四个阶段：
(一)第一阶段“准备阶段”(3月19日—4月15日)
1.组织人员对有关航道情况进行调查，摸清现状。明确职责分工，落实工作机构和人员。
2.市政府召开整顿和规范水上交通运输秩序动员会，并在有关新闻媒体上进行宣传，营造浓厚的整治氛围。沿线政府根据市动员会精神，层层落实任务目标。
(二)第二阶段“清理阶段”(4月16日至9月30日)
清理阶段分为自查自纠阶段和集中整治阶段。
1.自查自纠阶段：各地政府和各职能部门加强整顿和规范水上交通运输秩序工作的宣传和教育，航道沿线有关单位和个人按照整顿要求自觉进行整改。
2.集中整治阶段：交通等各有关职能部门按照整顿和规范水上交通运输秩序的要求，对水上交通运输秩序集中整治和规范，对符合通航标准已经批准的港区、码头、装卸点，重新核定岸线长度、锚泊范围。对未经批准擅自设置的码头、装卸点进行清理整顿。清除碍航设施，整顿通航秩序，严厉打击超载、超限运输和违章停泊、违章过驳行为，保证航道安全畅通。打击违章占用、损坏航道、航道设施以及毁损绿化行为，美化航道环境。
(三)第三阶段“落实长效管理阶段”(10月1日—10月31日)
