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培育壮大高新技术企业，实施“科技企业双百工程”。选择确定40家亿元以上高新技术企业、30家千万元以上骨干软件企业、30家技术创新先进企业、50家年收入5000万元以上优秀民营科技企业以及50家制造业信息化示范企业予以重点扶持，促使其做大做强。
加快发展骨干高新技术企业。鼓励实力较强的高新技术企业建立工程技术研究中心等创新载体，努力提高其集聚创新要素和组织创新活动的能力。依托骨干高新技术企业，整合科技资源，承担国家重大科技项目，突破一批重大关键技术，形成一批对我市高新技术产业发展有重大带动作用的优势高新技术产品。完成科研机构转制，使其尽快发展成为拥有自主知识产权、具备较强创新能力和市场竞争能力的高新技术企业。2007年，全市累计认定高新技术企业1000家，其中省级高新技术企业400家，国家级重点高新技术企业50家。
扶持发展民营科技企业。营造民营科技企业不断涌现、规模迅速扩大、民营科技企业家辈出的良好环境，发挥民营科技企业在体制、机制方面的优势，支持其技术创新、融资上市、外向型发展，着力培育一批拥有自主知识产权、规模效益位于全国领先地位的旗舰型民营高科技企业。到2007年，力争全市民营科技企业销售收入达500亿元，其中销售收入超亿元企业达到100家，超10亿元的企业达到10家。
(四)完善研究开发、公共服务平台和科技中介服务体系
加强研究开发和公共服务平台建设。依托我市行业骨干企业，建设一批国内一流水平的高技术重点实验室和工程技术研究中心；大力引进国外研究开发机构，提升高技术研究开发本土化的能力和水平；鼓励科研院所、高等院校与企业联建研究开发机构。整合科技资源，完善相关基础条件，重点建设软件测试、集成电路设计、新药安全评价、遗传工程小鼠资源库、实验动物、生物安全防护、新材料测试等一批公共科技服务平台，提升区域创新服务能力。
加强科技中介服务机构建设。按照业务特色化、服务标准化、管理信息化、机制市场化的要求，加快科技中介服务的能力建设和机制创新，重点建设好生产力促进中心、创业中心、技术产权交易市场、科技项目评估等科技中介服务机构。到2007年，在全市形成较为完善的科技中介服务体系，为加快科技成果转化提供配套服务。
(五)强化自主知识产权的培育
强化自主知识产权培育工作的关键在于加强原始性创新研究。在电子信息、生物技术与新医药、新材料等优势高技术领域，依托南京市科技资源集中的优势，重点扶持具有原始创新性、自主知识产权项目的实施。
加强市科技计划与国家、省科技计划的衔接整合。积极推动市各类科技计划与国家863计划、国家攻关计划、省攻关计划、省高技术研究等科技计划的联动，集成实施一批重大科技专项，努力形成一批具有自主知识产权的重大科技成果。
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